РАБОЧАЯ ПРОГРАММА УЧЕБНОЙ ДИСЦИПЛИНЫ
«Большой практикум»
Специальность — 020209.65 микробиология
Форма подготовки очная
ола естественных наук ДВФУ
Кафедра биохимии, микробиологии и биотехнологий
Курс 4, семестр 7,8
Лекции ___
Практические занятия - 408час.
Лабораторные работы - час.
Самостоятельная работа – 92 час.
Экзамен 7, 8 семестр
Зачет _____семестр
Рабочая программа учебной дисциплины составлена в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального образования (№ Гос.Рег. 96 ЕН / СП от 10 марта 2000 г.).
Рабочая программа учебной дисциплины обсуждена на заседании кафедры_ биохимии, микробиологии и биотехнологии «6» июня2012 г., протокол № 15
Составитель: Л.С.Бузолева_
Оборотная сторона титульного листа РПУД
Рабочая программа пересмотрена на заседании кафедры:
Протокол от «_______» ____________________г. №_____________
Заведующий кафедрой ___________________________ ____________________
(подпись) (И.О. Фамилия)
Рабочая программа пересмотрена на заседании кафедры:
Протокол от «________» ________________201_____г. №______________
Заведующий кафедрой ___________________________ ____________________
(подпись) (И.О. Фамилия)
Аннотация
Программа курса"Большой практикум" составлена в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального образования.Цель курса - научить студентов основным правилам работы с микроорганизмами, от отбора материала до идентификации видов микроорганизмов. Во время прохождения курса необходимо уделить внимание основным способам отбора проб для микробиологических исследований и правилам работы в микробиологических лабораториях. Студенты должны получить основные навыки работы с микроскопами разных типов, освоить этапы пробоподготовки и обработки препаратов для разных видов микроскопирования. Обучение методам микроскопии (световой, эпифлюоресцентной, темнопольной, электронной, конфокальной) позволит изучить структуры микробной клетки необходимые для идентификации бактерий. Одна из основных задач курса - научить студентов молекулярно-генетическим методам работы с микроорганизмами. Освоить работу с амплификатором,ставить электрофорез, учитывать результаты ПЦРОсвоение молекулярно-генетических методов дает возможность идентифицировать выделенные штаммы до вида или рода на основании сравнения с консервативным участком 16S рибосомальной РНК. Предлагаемые для обучения методы являются современными и актуальны для исследований в области микробиологии, достаточно точно позволяют идентифицировать микроорганизмы. Студенты должны освоить основные методы традиционной микробиологии, уметь работать с накопительной и чистой культурой, освоить методы идентификации видов микроорганизмов и научиться работать с определителем Берги. Все, выполняемые во время большого практикума, практические работы должны быть занесены в лабораторный журнал каждого студента, который предоставляется по окончании курса на проверку. Преподавание курса связано с другими курсами государственного образовательного стандарта: "Биохимия", "Неорганическая химия", "Органическая химия", "Цитология", "Экология", "Генетика", "Молекулярная генетика".
По завершению обучения дисциплине студент должен:
а) овладеть техникой и знать правила пробоотбора для микробиологических исследований:
б) научиться правилам и методам посева материала на разные среды (по составу, по консистенции, по назначению)
в) овладеть техникой работы с микроорганизмами и основными методами микробиологических исследований, в том числе:
микроскопией световой
микроскопией темнопольной
микроскопией эпифлюоресцентной
микроскопией электронной
микроскопией конфокальной
г)овладеть методами молекулярно-генетических исследований, уметь работать на амплификаторе, ставить электрофорез, учитывать результаты ПЦР
д) овладеть традиционными микробиологическими методами, необходимыми для идентификации микроорганизмов, уметь работать с определителем микроорганизмов
I. СОДЕРЖАНИЕ ПРАКТИЧЕСКОЙ ЧАСТИ ДИСЦИПЛИНЫ (408 часов)
Модуль I. Методы отбора проб для микробиологических исследований. Методы посева на плотные питательные среды и результаты его учета. (135 час.)
Занятие 1. Отбор проб для микробиологических исследований (35 час.). Способы отбора проб. Транспортировка проб и хранение. Экскурсия на объекты . Посев материала в лаборатории: 1) Приготовление питательных сред 2) посев на среды.
Занятие 2 Методы посева и индикации микроорганизмов из разных сред обитания (35 час).
2.1. Посевы на плотные и жидкие среды. Изучение техник посева (по Дригальскому, Шукевичу, методы получения изолированных колоний) (25 ч)
Методы получения чистой культуры бактерий: Метод истощающего штриха .Метод «площадки» или «решетки»
2.2. Получение накопительной и чистой культуры микроорганизмов.Методы выделения накопительных культур микроорганизмов: обогащения, нагревания, выделения подвижных форм бактерий (метод Шукевича)
Получить накопительную культуру аэробных спорообразующих бактерий. Приготовить накопительную культуру маслянокислых бактерий. Приготовить накопительную культуру молочнокислых бактерий. Приготовить накопительную культуру свободноживущих аэробных азотфиксирующих бактерий. Приготовить накопительную культуру подвижных форм бактерий.
Получение накопительных культур микроорганизмов ( продолжение предыдущего занятия)
Определить присутствие в исследуемом образце почвы аэробных азотфиксаторов Azotobacterchroococcum по показателям.
Отметить особенности роста подвижных форм бактерий.
Занятие 3 (35 час.)Методы выделения чистых культур микроорганизмов
Метод Пастера (метод предельныхразведений). Методы механического разделения микроорганизмов с использованием плотныхпитательных сред. Метод Коха (метод глубинного посева).Метод Дригальского. Метод выделения чистых культур с помощью химических веществ. Биологические методы выделения чистых культур патогенных микроорганизмов. Получить изолированные колонии споровых аэробных бактерий.Получить чистую культуру протея. Определение численности микроорганизмов высевом на плотные питательные среды (Чашечный метод Коха)
Занятие 4 (30 час.) Определение численности микроорганизмов в почве, в воздухе и на предмете.
Определить число микроорганизмов в 1 м3 воздуха. Определить число микроорганизмов на предмете. Определить численность микроорганизмов в почве, в воздухе и на предмете (продолжение предыдущего занятия). Рассчитать численность микроорганизмов в 1 г данного образца почвы. Определить количество клеток высевом в жидкие среды. Используя метод предельных разведений определить численность микроорганизмов в 1 мл морской воды. Получить чистую культуру морских микроорганизмов
Модуль II Методы микроскопии (69 час.)
Занятие 1. Устройство светового микроскопа. Принцип темнопольной микроскопии (17 час.).
Занятие 2. Правила работы на люминесцентном микроскопе(17 час.).
Занятие 3. Основные правила подготовки препаратов для электронной микроскопии и работа на электронном микроскопе(17 час.).
Занятие 4. Устройство конфокального микроскопа (18 час.).
Модуль III. Молекулярно-генетическая идентификация гетеротрофных бактерий (102 час).
Практическая работа №1 (27 часов)
Приготовление рабочих растворов и растворов хранения для молекулярно-генетической идентификации микроорганизмов: Среда LB,трис-HCl, TFB буфер, TAE буфер.
Практическая работа №2 (25 часов)
Выделение ДНК из чистых культур водных микроорганизмов с помощью набора для выделения ДНК «РибоСорб».Выделение суммарной ДНК/РНК:с помощью набора РИБО-сорб (Амплисенс, Москва), методом ферментативного лизиса, методом цетавлоновой очистки. Полимеразная цепная реакция (ПЦР). Анализ продукта электрофорезом в 1% агарозном геле.СеквенированиеПЦР-продукта на автоматическом секвенатореBeckmanCoulterCEQ 8800 GeneticAnalysisSystem.
Пробоподготовка к флуоресцентной гибридизации insitu. Приготовление 4% ПФА. Приготовление 1× фосфатного буфера (1×PBS) (Amann, 1995.)
Флуоресцентная гибридизация insitu с групп специфичными зондами.
Практическая работа №3 (25 часов)
Выделение суммарной ДНК из донных осадков с помощью рабочих растворов (продолжение работы)
Практическая работа № 4 (25 часов)
Идентификация микроорганизмов на основании полученной ДНК методом секвенирования.
Модуль IV. Идентификация микроорганизмов традиционными микробиологическими методами с применением определителя (102 час).
Выделение штамма в чистую культуру. Постановка биохимических тестов для идентификации штамма. Использование для отработки техники планшет, пробирок, готовых тест-систем.
Использование определителя Берги для чтения и интерпретации полученного результата. Решение задач на самостоятельное определение зашифрованного штамма.
Практическое занятие №1Выделение и культивирование микроорганизмов (12час)
Изучение культуральных свойств микроорганизмов. Приготовление фиксированных препаратов микроорганизмов и их окраска. Просмотр и зарисовка бактерий разной формы.
Практическое занятие№2 Проверка чистоты культуры. ИЗУЧЕНИЕ КУЛЬТУРАЛЬНЫХ ОСОБЕННОСТЕЙ и морфо - физиологических свойств МИКРООРГАНИЗМОВ (12час)
Проверка чистоты культуры. Описание колоний. Пересев культуры на скошенный агар.Посев выбранной колонии в жидкую питательную среду
Практическое занятие№3 ИЗУЧЕНИЕ КУЛЬТУРАЛЬНЫХ ОСОБЕННОСТЕЙ и морфо-физиологических свойств МИКРООРГАНИЗМОВ (продолжение предыдущего занятия)(12час)
|
