Утверждаю
Руководитель Федеральной
службы по надзору в сфере
защиты прав потребителей
и благополучия человека -
Главный государственный
санитарный врач
Российской Федерации
Г.Г.ОНИЩЕНКО
20 августа 2013 года
Дата введения:
с момента утверждения
3.1.1. ПРОФИЛАКТИКА ИНФЕКЦИОННЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ
НАДЗОР ЗА РАСПРОСТРАНЕНИЕМ ШТАМПОВ ВИЧ, РЕЗИСТЕНТНЫХ
К АНТИРЕТРОВИРУСНЫМ ПРЕПАРАТАМ
МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
МР 3.1.5.0075/1-13
1. Разработаны: ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Федеральным научно-методическим центром по профилактике и борьбе со СПИДом, Управлением эпидемиологического надзора Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.
2. Утверждены и введены в действие: Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека - Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации Г.Г. Онищенко 20 августа 2013 г.
3. Введены впервые.
1. Область применения
Методические рекомендации предназначены для специалистов органов и учреждений Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, научных учреждений, а также специализированных ЛПО, осуществляющих организационно-методическую работу по проведению диагностических, лечебных, профилактических и противоэпидемических мероприятий по ВИЧ-инфекции в субъектах Российской Федерации (центры по профилактике и борьбе со СПИД), организаторов здравоохранения, эпидемиологов, врачей-инфекционистов, специалистов в области лабораторной диагностики, а также специалистов других заинтересованных организаций.
В настоящих методических рекомендациях определены основные принципы организации и порядок осуществления эпидемиологического надзора за распространением штаммов ВИЧ, резистентных к АРВ препаратам. Целью данных рекомендаций является представление подходов к осуществлению эпидемиологического надзора за генетическими вариантами ВИЧ, циркулирующими в России, для минимизации возникновения, распространения резистентности к АРВ препаратам в Российской Федерации, ограничения последствий распространения резистентности для здоровья населения.
Подходы к организации обследования на резистентность к АРВ препаратам инфицированных ВИЧ пациентов, получающих терапию, по клиническим показаниям не являются целью данного руководства и изложены в других публикациях.
2. Введение
В настоящее время в Российской Федерации растет распространенность инфекции, вызываемой вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ-инфекции). Со времени выявления в 1987 г. первого случая заражения ВИЧ всего было обнаружено более 770 тысяч ВИЧ-инфицированных россиян и сообщено о смерти 150 тысяч из них. В 2012 г. было зарегистрировано более 70 тысяч новых случаев ВИЧ-инфекции среди граждан Российской Федерации, а общее число живущих с заболеванием в России оценивалось в 1,2 миллиона человек. Все эти люди могут погибнуть от СПИДа, если не получат необходимого лечения. В 2013 г. в Российской Федерации получали антиретровирусную терапию более 150 тысяч инфицированных ВИЧ в Российской Федерации. Современная антиретровирусная терапия существенно продляет жизнь инфицированных ВИЧ и снижает риск передачи ВИЧ-инфекции от пациентов, получающих терапию.
Высокоактивная антиретровирусная терапия, которая должна проводиться пациенту пожизненно, может оказаться неэффективной в связи с выработкой резистентности к антиретровирусным препаратам. В связи с высокой степенью генетической вариабельности ВИЧ, активной репликацией вируса и необходимостью длительного приема АРВ препаратов возникновение резистентности ВИЧ неизбежно. Резистентность потенциально развивается ко всем АРВ препаратам и может проявляться уже через 14 - 28 дней после назначения препарата. Распространение резистентности ВИЧ к АРВ препаратам приводит к снижению эффективности терапии, увеличению смертности от ВИЧ/СПИД и росту стоимости антиретровирусной терапии.
Надзор за резистентностью ВИЧ к антиретровирусным препаратам позволил выделить 3 этапа в развитии устойчивости в странах мира. Первый этап - до 2000 г. был связан с началом программ лечения в странах и ростом распространенности резистентности к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы. В период с 2000 по 2005 гг. отмечался рост распространенности резистентности к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы, связанный с расширением масштабов лечения преимущественно с применением препаратов этого класса. Последние несколько лет характеризуются с одной стороны снижением распространенности первичной (передаваемой) резистентности в связи с оптимизацией лечения, а с другой стороны появлением множественно устойчивых штаммов ВИЧ.
В мире 9,7 миллиона человек получали антиретровирусную терапию к концу 2012 г. В странах с высоким уровнем дохода (в странах Западной Европы, Северной Америки, Австралии и Японии) средний уровень распространенности первичной резистентности у лиц, не имевших опыта применения АРВ терапии, в последние годы составляет 10 - 17%, оставаясь стабильным последнее десятилетие. В странах с низким и средним уровнем дохода распространенность первичной резистентности возрастала в период с 2003 по 2010 год, достигнув максимума - 6,6% в 2009 году.
Для пациентов, получающих АРТ, в зависимости от длительности приема препаратов уровень распространенности резистентности может составлять от 5 - 18,8% в течение первых 12 месяцев терапии до существенно более высоких показателей в последующие годы. Среди пациентов с вирусологической неэффективностью терапии через 12 месяцев после ее начала 60 - 81% в разных регионах мира имеют резистентность ВИЧ к АРВ препаратам, в основном к НИОТ и ННИОТ, у остальных пациентов основной причиной неэффективности терапии является низкая приверженность лечению.
В Российской Федерации в 2006 - 2010 гг. в 18 исследуемых регионах передающаяся лекарственная устойчивость ВИЧ встречалась с низкой частотой - менее 5%, однако ее распространенность ежегодно увеличивалась.
На фоне быстро развивающейся эпидемии ВИЧ-инфекции в России и включения в лечение большого количества пациентов надзор за резистентностью ВИЧ к АРВ препаратам в субъектах Российской Федерации является очень актуальным, поскольку предоставляет информацию для выбора предпочтительных эффективных схем антиретровирусной терапии первого и второго ряда, схем химиопрофилактики передачи ВИЧ-инфекции от матери к ребенку и схем постконтактной химиопрофилактики.
3. Общие положения
ВИЧ-инфекция - болезнь, вызываемая вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), хроническое заболевание, характеризующееся специфическим поражением иммунной системы, приводящим к медленному ее разрушению вплоть до формирования синдрома приобретенного иммунодефицита (СПИД), приводящего инфицированного ВИЧ к быстрой гибели. Преимущественное распространение ВИЧ среди молодого населения приводит к повышению смертности, сокращению рождаемости, уменьшению продолжительности жизни населения, сокращению численности работающего населения, увеличению затрат на здравоохранение, вызывает многофакторное деструктивное воздействие на социальную и экономическую жизнь общества.
Возбудитель ВИЧ-инфекции - вирус иммунодефицита человека - относится к подсемейству лентивирусов семейства ретровирусов. Существует два типа вируса: ВИЧ-1 и ВИЧ-2.
Антиретровирусная терапия (АРТ) является этиотропной терапией ВИЧ-инфекции. На современном этапе АРТ не позволяет полностью элиминировать ВИЧ из организма больного, но останавливает размножение вируса, что приводит к восстановлению иммунитета, предотвращению развития или регрессу вторичных заболеваний, сохранению или восстановлению трудоспособности пациента и предотвращению его гибели. Основным критерием эффективности АРТ является подавление размножения вируса, что выражается в снижении вирусной нагрузки до неопределяемого уровня. Эффективная противоретровирусная терапия одновременно является профилактической мерой, снижающей опасность пациента как источника инфекции. Кроме того, в настоящее время активно применяются методы постконтактной и доконтактной химиопрофилактики АРВ препаратами.
Антиретровирусные (противоретровирусные) препараты подавляют размножение ВИЧ, но не способны уничтожить генетический материал вируса, интегрированный в ДНК клетки человека, поэтому не позволяют достигнуть полного излечения от ВИЧ-инфекции.
Резистентность (устойчивость) ВИЧ - это способность ВИЧ проникать в человеческие клетки и размножаться в присутствии антиретровирусных препаратов. Снижение чувствительности ВИЧ к АРТ обусловлено возникновением мутаций в генах-мишенях АРВТ (кодирующих нуклеотидные последовательности ревертазы, протеазы, интегразы, поверхностных и структурных белков).
Резистентные штаммы ВИЧ могут возникнуть за счет развития мутаций вируса у пациентов, принимающих антиретровирусную терапию (приобретенная резистентность), или быть переданы неинфицированным ранее людям от лиц, у которых такие штаммы присутствуют (первичная, передаваемая резистентность). Как первичная, так и приобретенная резистентность ВИЧ может приводить к снижению эффективности терапии ВИЧ-инфекции у отдельных пациентов и в популяции в целом, ограничивает возможности выбора антиретровирусных препаратов. И хотя для большинства пациентов с резистентностью ВИЧ стандартные схемы терапии второго ряда будут эффективны, в целом для популяции это может приводить к таким серьезным последствиям, как изменения в рекомендуемых предпочтительных схемах антиретровирусной терапии, удорожанию терапии, а как следствие, к снижению охвата лечением нуждающихся больных.
Резистентность ВИЧ возникает в том случае, если воздействие АРВ препаратов недостаточно для подавления репликации ВИЧ. Факторы, способствующие развитию резистентности, ВОЗ разделяет на четыре категории:
1. Факторы, связанные с АРВ препаратами и схемами терапии (неправильно подобранные схемы терапии, неверная дозировка, взаимодействие с иными лекарственными препаратами, сложные для приема схемы);
2. Факторы, связанные с вирусом (высокая репликативная активность вируса, наличие у пациента резистентных штаммов до начала АРТ и вероятное наличие у некоторых субтипов ВИЧ более низкого барьера к выработке резистентности);
3. Факторы, связанные с пациентом (нарушение режима приема антиретровирусных препаратов при АРТ (приверженность), в том числе в связи с наличием других заболеваний, детским возрастом, боязнью стигмы и дискриминации и т.п.);
4. Факторы, связанные с организацией лечения (системы закупок и поставок АРВ препаратов, дефицит кадров, неразвитая инфраструктура, снижение доступа для пациентов к различным видам медицинской помощи и т.п.).
При осуществлении надзора за распространением резистентности ВИЧ к АРВ препаратам согласно рекомендациям ВОЗ необходимо организовать работу по трем ключевым направлениям: анализ индикаторов раннего предупреждения появления резистентности ВИЧ к АРВ препаратам, анализ распространенности первичной резистентности к АРВ препаратам, анализ распространенности резистентности к АРВП у больных на первой линии терапии (в том числе отдельно на старте терапии и у детей в возрасте до 18 месяцев). Ключевые составляющие системы надзора за циркуляцией резистентных штаммов ВИЧ согласно рекомендациям ВОЗ от 2012 г. отражены на рисунке 1. С увеличением числа пациентов, находящихся на антиретровирусной терапии второго ряда, должны потребоваться дополнительно исследования по распространенности резистентности к АРВП у больных на терапии второго ряда и схемах спасения, но в настоящее время в России это не актуально. Для более эффективного использования полученных данных должен также проводиться анализ распространенности различных типов, субтипов ВИЧ и циркулирующих рекомбинантных форм среди различных категорий больных. Исходя из полученной информации должен формироваться общенациональный подход к профилактике развития резистентности ВИЧ к АРВ препаратам и осуществляться мероприятия по оптимизации диагностических исследований и разработке вакцин.
┌────────────────────────────────────┬────────────────────────────────────┐
│Надзор за передаваемой/первичной │Надзор за распространенностью │
│резистентностью среди недавних │лекарственно устойчивых штаммов ВИЧ │
│случаев инфицирования ВИЧ │в популяции пациентов, начинающих │
│ │получать АРТ │
│ ┌──────────────┴───────────┐ │
├─────────────────────┤Мониторинг индикаторов ├────────────────────────┤
│ │раннего предупреждения │ │
│ └──────────────┬───────────┘ │
│Надзор за резистентными штаммами ВИЧ│Надзор за приобретенной │
│у детей младше 18 мес. │лекарственной устойчивостью у │
│ │взрослых и детей, получающих АРВТ │
│ │более 12 мес. (12, 24 мес.) │
└────────────────────────────────────┴────────────────────────────────────┘
Рисунок 1. Ключевые составляющие системы надзора
за циркуляцией резистентных штаммов ВИЧ по рекомендациям
(ВОЗ, 2012)
Целью надзора за резистентностью ВИЧ к АРВ препаратам является минимизация возникновения и распространения резистентности, ограничения последствий ее распространения для здоровья населения Российской Федерации.
Для достижения поставленных целей необходимо выполнить следующие задачи:
1. Изучить уровень распространенности первичной резистентности и характер мутаций к АРВ препаратам среди людей, недавно инфицированных ВИЧ, в субъектах Российской Федерации;
2. Изучить частоту возникновения резистентности и характер мутаций у пациентов, получающих АРТ терапию первой линии (в том числе уровень распространенности резистентности до начала терапии и у детей в возрасте до 18 месяцев);
3. Изучить индикаторы раннего предупреждения появления резистентности ВИЧ к АРВ препаратам;
4. На основании всех полученных данных оценить, насколько система предоставления АРТ в стране способствует профилактике распространения резистентности к АРВ препаратам;
5. Выработать рекомендации по оптимизации системы лечения ВИЧ-инфекции и проведению мероприятий по профилактике распространения резистентности к АРВ препаратам в стране и отдельных регионах.
Дополнительными задачами, выполнимыми в рамках тех же исследований, являются: оценка распространенности различных типов и субтипов ВИЧ среди инфицированных ВИЧ в субъектах Российской Федерации и на основании этих данных оценка адекватности использования различных диагностических систем и направлений разработки вакцин. В Российской Федерации создана инфраструктура в области диагностики и надзора за резистентностью. В 2013 г. в стране 45 лабораторий сети центров СПИД имели оборудование для проведения исследований по резистентности к АРВП. Регулярно проводится обучение по диагностике устойчивости ВИЧ к АРВ препаратам. Для обеспечения контроля качества исследований по резистентности создана и введена в работу контрольная панель по резистентности ФСВОК. Создана рабочая группа по резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам при референс-центре по мониторингу за ВИЧ и ВИЧ-ассоциированными инфекциями ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. Разработана и внедрена Всероссийская электронная база данных устойчивости ВИЧ к АРВ препаратам ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, сайт которой размещен в Интернете по адресу: http://hivresist.pcr.ru/.
4. Порядок осуществления надзора за резистентностью ВИЧ
к АРВ препаратам
Стратегия ВОЗ по надзору за резистентностью ВИЧ к АРВП включает восемь элементов:
- Создание и функционирование рабочей группы по резистентности (включая утверждение плана работы на 5 лет и выделение соответствующего финансирования);
- Слежение за индикаторами раннего предупреждения;
- Исследования по мониторингу за резистентностью;
- Пороговые исследования по первичной резистентности;
- Разработка специализированной базы данных;
- Аккредитация лаборатории по генотипированию;
- Регулярный обзор профилактических мероприятий (в отношении развития и распространения резистентности ВИЧ);
- Подготовка ежегодного отчета по резистентности ВИЧ.
Для осуществления эффективной работы по надзору за резистентностью ВИЧ к АРВ препаратам необходимо следовать этому плану.
Необходимо поддерживать работу федеральной рабочей группы по резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам и создать рабочие группы специалистов по резистентности на уровне каждого федерального округа Российской Федерации и в субъектах Федерации с наибольшим количеством больных, получающих антиретровирусную терапию. В рабочую группу по резистентности ВИЧ к АРВ препаратам на федеральном и региональном уровне должны войти специалисты по ВИЧ-инфекции Министерства здравоохранения Российской Федерации и Роспотребнадзора, эпидемиологи, специалисты по лабораторной диагностике, врачи-инфекционисты, специалисты по мониторингу и оценке. Рабочая группа должна иметь утвержденный пятилетний план работы и необходимое для ее функционирования финансирование.
Очень важным, обычно не требующим значительного финансирования, а следовательно, доступным ресурсом данных для надзора за резистентностью ВИЧ к АРВ препаратам является отслеживание индикаторов раннего предупреждения развития резистентности ВИЧ к АРВ препаратам.
Сбор данных по первичной и приобретенной резистентности ВИЧ к АРВ препаратам должен быть налажен среди детей в возрасте до 18 мес., взрослых мужчин и женщин.
Целесообразно также проводить исследования по надзору за распространенностью резистентности ВИЧ среди пациентов, начинающих получать АРТ (на момент начала АРТ, через 12, 24 мес. и среди детей). В некоторых странах мира рекомендовано проводить лабораторные исследования на резистентность ВИЧ среди всех впервые выявленных пациентов и всех пациентов, перед началом АРТ. В Российской Федерации сбор данных по резистентности ВИЧ ведется путем проведения специальных выборочных исследований.
Для сбора и хранения данных по резистентности ВИЧ к АРВП в Российской Федерации создана Всероссийская электронная база данных устойчивости ВИЧ к АРВ препаратам. Результаты проведенных исследований по резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам в субъекте или федеральном округе Российской Федерации для анализа данных, подготовки ежегодного отчета по резистентности ВИЧ и принятия адекватных управленческих решений должны быть доложены во Всероссийскую электронную базу данных устойчивости ВИЧ к АРВ препаратам ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора (http://hivresist.pcr.ru/).
Каждый субъект Российской Федерации должен иметь лицензированную лабораторию для проведения исследований по резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам.
Российской Федерации целесообразно иметь национальную и региональные, аккредитованные ВОЗ лаборатории по генотипированию с целью обеспечения высокого качества исследований по резистентности. Всем лабораториям, проводящим исследования по резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам, настоятельно рекомендуется участвовать в системе внешнего контроля качества (ФСВОК) по разделу резистентности ВИЧ.
Федеральная и региональные рабочие группы по лекарственной устойчивости должны ежегодно отчитываться по всем аспектам стратегии надзора за резистентностью ВИЧ к АРВП и распространять эти отчеты. Ежегодные отчеты должны включать рекомендации в отношении конкретных мер по предотвращению возникновения устойчивости и ее передачи.
4.1. Мониторинг индикаторов раннего предупреждения развития
резистентности ВИЧ
Всемирная организация здравоохранения разработала систему индикаторов раннего предупреждения развития резистентности ВИЧ к АРВП для оценки проводимой антиретровирусной терапии и выявления факторов, способствующих выработке резистентности ВИЧ.
Целью мониторинга индикаторов раннего предупреждения развития резистентности ВИЧ (ИРП) является оценка качества лечения ВИЧ-инфекции в связи с профилактикой развития резистентности ВИЧ к АРВ препаратам.
Данные для индикаторов за ограниченный период времени каждого года можно получить из медицинской документации и баз данных по АРТ. Индикаторы позволяют контролировать практику назначения и эффективность АРТ; своевременность получения АРВ препаратов пациентами и посещение ими ЛПО в назначенное время; долю пациентов, потерянных для последующего наблюдения и продолжающих получать АРТ первой линии на протяжении более чем 12 месяцев; а также перебои в поставках АРВ препаратов в регионах страны.
Индикаторы раннего предупреждения характеризуются следующими особенностями:
- ИРП позволяют выявлять риски возникновения резистентности ВИЧ без применения дорогостоящих методов лабораторного определения лекарственной устойчивости ВИЧ на основе секвенирования.
- ИРП могут собираться из всех ЛПО, проводящих лечение ВИЧ-инфекции в стране, или из репрезентативной выборки ЛПО.
- Отчеты ЛПО, проводящих лечение ВИЧ-инфекции в стране, предоставляемые ежегодно, дают практическую информацию для планирования мероприятий по минимизации возникновения и распространения резистентных штаммов ВИЧ в стране.
Мониторинг и оценка индикаторов раннего предупреждения может оперативно выявлять недостатки системы лечения ВИЧ-инфекции как на уровне ЛПО, так и на уровне региона или страны, которые могут привести к прерыванию лечения у больных и, как следствие, к развитию лекарственной устойчивости ВИЧ и нерациональному расходованию средств. Своевременное выявление проблемных ЛПО, предоставляющих не вполне адекватную медицинскую помощь по лечению ВИЧ-инфекции, дает возможность принять оперативные меры по нормализации ситуации. С другой стороны мониторинг индикаторов раннего предупреждения позволяет выявить наиболее передовые ЛПО, которые могли бы служить моделью наилучшей практики для других лечебных учреждений в стране.
В 2012 г. ВОЗ с учетом ранее накопленного опыта применения индикаторов раннего предупреждения пересмотрел, сократил набор индикаторов и привел их в соответствие с другими регулярно собираемыми индикаторами систем мониторинга и оценки мероприятий по противодействию эпидемии ВИЧ-инфекции. Набор основных показателей 2012 г. был сокращен до 5 пунктов, среди которых: своевременность получения АРВ препаратов пациентами, адекватность выбора схем АРТ, бесперебойность обеспечения АРВ препаратами и удержание пациентов в системе оказания медицинской помощи в течение 12 месяцев и подавление вирусной нагрузки через 12 месяцев после начала терапии. Пятый индикатор должен контролироваться в ЛПО, где вирусная нагрузка определяется для всех пациентов через 12 месяцев после начала терапии, что может представлять сложность для некоторых учреждений системы исполнения наказаний. В Российской Федерации должны отслеживаться все 5 индикаторов раннего предупреждения во всех ЛПО, предоставляющих лечение ВИЧ-инфекции.
Для облегчения интерпретации данных ВОЗ в 2012 г. предложил классификацию показателей индикаторов раннего предупреждения по трем основным категориям: красный (низкий показатель, ниже целевого уровня), желтый (умеренный показатель, но целевой уровень не достигнут) и зеленый (отличный показатель, целевое значение достигнуто). Если ЛПО не проводит сбор данных для какого-либо индикатора, то его значение классифицируется как серый уровень (нет данных), а если индикатор не собирается только в определенном году, обычно в следующем после утверждения индикатора), то ему присваивается белое значение.
Таблица 1
НАБОР ИНДИКАТОРОВ РАННЕГО ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ РАЗВИТИЯ
РЕЗИСТЕНТНОСТИ ВИЧ И РЕКОМЕНДОВАННЫЕ ВОЗ ЦЕЛЕВЫЕ
ПОКАЗАТЕЛИ (2012 Г.)
Индикаторы раннего предупреждения
|
Целевые показатели
|
1. Своевременное получение АРВ препаратов
(% пациентов, своевременно получивших АРВ препараты - до того момента как закончатся предыдущие выданные препараты)
|
Красный: < 80%
Желтый: 80 - 90%
Зеленый: > 90%
|
2. Удержание в системе оказания медицинской помощи
|
Красный: < 75% удержанных через 12 месяцев после начала АРТ
Желтый: 75 - 85% удержанных через 12 месяцев после начала АРТ
Зеленый: > 85% удержанных через 12 месяцев после начала АРТ
|
3. Бесперебойное обеспечение АРВ препаратами
(% месяцев бесперебойного обеспечения ЛПО АРВ препаратами в году)
|
Красный: < 100% из 12 месяцев в году без перебоев в поставках АРВ препаратов
Зеленый: 100% от 12 месяцев в году без перебоев в поставках АРВ препаратов
|
4. Практика назначения АРТ
|
Красный: > 0% пациентов, получающих АРВ терапию одним или двумя препаратами
Зеленый: 0% пациентов, получающих АРВ терапию одним или двумя препаратами
|
5. Подавление вирусной нагрузки через 12 месяцев <*>
|
Красный: < 70% больных с подавленной вирусной нагрузкой через 12 месяцев после начала антиретровирусной терапии
Желтый: 70 - 85% больных с подавленной вирусной нагрузкой через 12 месяцев после начала антиретровирусной терапии
Зеленый: > 85% больных с подавленной вирусной нагрузкой через 12 месяцев после начала антиретровирусной терапии
|
<*> 5.1. Подавление вирусной нагрузки через 12 месяцев для детей < 2 лет
|
Красный: < 60% детей с подавленной вирусной нагрузкой через 12 месяцев после начала антиретровирусной терапии
Желтый: 60 - 70% детей с подавленной вирусной нагрузкой через 12 месяцев после начала антиретровирусной терапии
Зеленый: > 70% детей с подавленной вирусной нагрузкой через 12 месяцев после начала антиретровирусной терапии
|
Каждым центром по профилактике и борьбе со СПИД субъекта должен ежегодно проводиться сбор индикаторов раннего предупреждения. При этом данные по заданным параметрам, позволяющие рассчитать индикаторы, должны собираться обязательно из всех ЛПО, проводящих АРТ в регионе, поскольку ЛПО могут иметь принципиальные отличия, а средние показатели по субъекту не позволят отследить опасные тенденции и принять своевременные меры. Средние показатели по региону и стране рассчитываются путем суммирования данных по всем ЛПО.
Пример отчета региона X по индикаторам раннего предупреждения:
ЛПО, проводящие АРТ в регионе X
|
N 1 - % пациентов, вовремя получивших АРВ препараты
|
N 2 - % пациентов, удержанных через 12 мес. после начала АРТ
|
N 3 - % месяцев бесперебойного обеспечения ЛПО АРВ препаратами в году
|
N 4 - % получивших АРВ терапии одним или двумя препаратами
|
N 5 - % больных с подавленной вирусной нагрузкой через 12 мес. после начала АРТ
|
N 5.1 - % детей с подавленной вирусной нагрузкой через 12 мес. после начала АРТ
|
1
|
87/100
(87%)
|
78/100
(78%)
|
12
(100%)
|
0/100
(0%)
|
67/100
(67%)
|
3/4
(75%)
|
2
|
170/200
(85%)
|
142/200
(71%)
|
9
(75%)
|
1/200
(0,5%)
|
150/200
(75%)
|
6/7
(86%)
|
3
|
273/300
(91%)
|
255/300
(85%)
|
10
(83%)
|
6/300
(2%)
|
240/300
(80%)
|
10/15
(67%)
|
Электронные таблицы, позволяющие рассчитать значения индикаторов раннего предупреждения, и инструкция по их заполнению размещены на интернет-сайте "Российская база данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам" (http://hivresist.pcr.ru/).
4.2. Исследования по эпидемиологическому надзору за случаями
передачи резистентных штаммов к АРВ препаратам от пациента
к пациенту (надзор за первичной резистентностью ВИЧ)
Эти исследования также называют "пороговыми исследованиями по первичной резистентности ВИЧ", поскольку они рекомендованы для проведения в выборочных регионах, где АРТ широко применяется на протяжении более 3 последних лет. Этот метод не позволяет рассчитать точные показатели распространенности резистентности в заданном году (с учетом очень небольшого количества исследуемых образцов) и не может быть репрезентативным на национальном уровне. Но его основной целью является предупреждение руководителей программ лечения ВИЧ-инфекции о передаче резистентных штаммов от пациента к пациенту в конкретных регионах страны и необходимости принятия организационных мер.
Всемирная организация здравоохранения выделяет три уровня распространенности первичной резистентности, на основании которых принимаются решения о методах минимизации возникновения и распространения резистентности и ограничения последствий распространения резистентности для здоровья населения.
Классификация распространенности первичной резистентности ВИЧ к АРВ препаратам ВОЗ:
Низкая распространенность: < 5%
Высокая распространенность: > 15%
Средняя распространенность: между 5% и 15%.
При этом при распространенности резистентности ниже порогового уровня в 5% в испытуемом регионе не требуется внедрение срочных мероприятий по профилактике распространения резистентных штаммов, но необходимо проводить оценку индикаторов раннего предупреждения появления резистентности и повторить исследование через 2 года. Второй пороговый уровень распространенности первичной резистентности в 15% был выбран, поскольку после его достижения резистентность уже может оказывать существенное влияние на эффективность программ лечения ВИЧ-инфекции, что в свою очередь требует пересмотра рекомендуемых схем антиретровирусной терапии с исключением препаратов, к которым наиболее часто обнаруживается резистентность, включение теста на резистентность в стандарты обследования пациентов с ВИЧ и принятия срочных мер по профилактике распространения резистентных штаммов ВИЧ. При среднем уровне распространенности резистентности ВИЧ к АРВ препаратам необходимо проанализировать причины этого явления и принимать срочные меры по профилактике распространения резистентных штаммов ВИЧ, провести исследование в популяции больных, начинающих получать АРТ (если не проводилось). Повторить все виды исследований целесообразно через 2 года.
Цель данного исследования - определение масштабов передачи и распространенности первичной резистентности к АРВ препаратам среди недавно инфицированных ВИЧ пациентов, не имевших опыта получения АРВ терапии.
Задачи: оценка уровня распространенности первичной резистентности и характер мутаций к АРВ препаратам среди людей, недавно инфицированных ВИЧ, в субъектах Российской Федерации. Дополнительная задача данного исследования - определение распространенности различных субтипов ВИЧ среди недавно инфицированных ЛЖВС.
Целевая группа: инфицированные ВИЧ, не имеющие опыта получения АРВ препаратов, зараженные в течение последних 0,5 - 1,5 года.
Дизайн исследования: определение резистентности и субтипов ВИЧ в пробах, забранных от недавно инфицированных ЛЖВ. В связи с трудностями в идентификации людей, зараженных в течение последних 0,5 - 1,5 года, или проверки получали ли когда-либо АРВ препараты эти люди, выбор критериев включения в исследование очень важен. При существенном сроке инфицирования резистентные штаммы не будут обнаружены у пациента, поскольку останутся только в минорных популяциях, а при наличии опыта получения АРВП мы обнаружим не первичную, а вторичную резистентность. Эти два фактора могут существенно искажать результаты исследования и привести к неверным выводам.
Для удобства создания выборки рекомендуется включать образцы от двух групп пациентов: от молодых, впервые выявленных с ВИЧ первобеременных женщин или "сероконвертеров" - впервые выявленных инфицированных ВИЧ, имеющих предыдущий отрицательный/неопределенный результат тестирования на ВИЧ.
Критериями включения в исследование по первичной резистентности являются:
Для группы N 1 - сероконвертеры (люди, у которых произошла сероконверсия или недавно инфицированные ВИЧ):
- Инфицированный ВИЧ должен получать медицинскую помощь в регионе исследования;
- Первый положительный результат его теста на ВИЧ должен быть получен менее чем за 1 год до включения в исследование;
- Должны присутствовать лабораторные доказательства сероконверсии в течение 1 года, к документальным свидетельствам относится последний отрицательный или сомнительный результат лабораторного обследования на ВИЧ, справка об обследовании на ВИЧ, журналы обследования на ВИЧ, базы данных:
Сероконверсия, выявленная в период окна одним из следующих тестов: ИФА, антиген p24 или иммуноблот, то есть последний тест в ИБ позитивный в течение года, а предыдущий - неопределенный.
Сероконверсия, выявленная при повторном тестировании, то есть результаты одного или нескольких тестов были негативные, а последнего ИБ - позитивный в течение года;
- Пациент должен иметь непосредственно перед включением в исследование уровень CD4-лимфоцитов > 500 клеток/мкл.
Для группы N 2 - молодые первобеременные женщины, не имевшие опыта получения АРВ препаратов:
- Беременная женщина, инфицированная ВИЧ, получающая помощь в субъекте Российской Федерации - участнике исследования,
- Возраст 15 - 25 лет (по возможности не более 22 лет),
- Первая беременность,
- Впервые рискованное поведение, которое могло привести к заражению ВИЧ, отмечено не более 3 лет назад (до включения в исследование),
- Первый положительный результат теста на антитела к ВИЧ получен менее чем за 1 год до включения в исследование,
- Женщина должна иметь непосредственно перед включением в исследование уровень CD4-лимфоцитов > 500 клеток/мкл,
- У беременных образец крови должен быть забран обязательно до начала приема АРВ препаратов.
Критериями исключения являются:
- Наличие опыта получения антиретровирусных препаратов у пациента (в том числе профилактическая терапия вертикальной передачи ВИЧ или применение АРВ препаратов для других целей),
- Давние сроки заражения ВИЧ:
первый положительный в ИБ результат, выявленный более чем за 1 год до включения в исследование,
признаки СПИД, оппортунистические инфекции и вторичные заболевания у пациента,
количество CD4 менее 500 кл./мл,
- Отсутствие информированного согласия на участие в исследовании.
Выбор регионов для проведения исследования: исследования следует проводить в регионах, где АРВ терапия применялась достаточно широко на протяжении >= 3 лет, отмечается быстрый рост охвата терапией инфицированных ВИЧ и где продолжает регистрироваться значительное количество новых случаев ВИЧ-инфекции. Образцы крови могут специально собираться для данного исследования, но для этих же целей могут быть использованы оставшиеся образцы после обследования на ВИЧ, CD4 или вирусную нагрузку в рамках скрининговых исследований или образцы крови, полученные при дозорных других сероэпидемиологических исследованиях.
Диагностическая проба: не менее 0,5 - 1 мл плазмы крови одного забора. В отдельных случаях, при невозможности получения плазмы крови, может быть использована сыворотка. Каждый образец должен сопровождаться направлением на определение лекарственной резистентности ВИЧ (приложение 1 - не приводится) и информированным согласием на участие в исследовании (приложение 2 - не приводится).
Количество участников исследования: для исследования необходимо проанализировать результаты тестирования образцов не менее чем от 47 лиц, удовлетворяющих критериям отбора, которым последовательно поставлен диагноз ВИЧ в регионах исследования. С учетом отбраковки части образцов на этапе доставки и определения нуклеотидной последовательности рекомендуется отбирать коллекцию из 70 - 100 образцов для исследования, что позволит повысить точность результатов и предотвратить снижение достоверности при возникновении проблемы с генотипированием образцов. Обследование минимального количества образцов позволит национальной программе минимизировать расходы и охватить большее количество регионов.
Полученные результаты должны анализироваться в программном обеспечении, предназначенном для выявления мутаций, значимых для надзора за передаваемыми лекарственно устойчивыми штаммами ВИЧ (http://cpr.stanford.edu/cpr.cgi).
Основные мутации ВИЧ для надзора за первичной
резистентностью <*>
--------------------------------
<*> Bennett DE, Camacho RJ, Otelea D, et al. Drug Resistance Mutations for Surveillance of Transmitted HIV-1 Drug-Resistance: 2009 Update, PLoS One 2009; 4:e4724.
НИОТ
|
ННИОТ
|
ИП
|
M41
|
L
|
Q151
|
M
|
L100
|
I
|
L23
|
I
|
G73
|
S, T, C, A
|
K65
|
R
|
M184
|
V, I
|
K101
|
E, P
|
L24
|
I
|
L76
|
V
|
D67
|
N, G, E
|
L210
|
W
|
K103
|
N, S
|
D30
|
N
|
V82
|
A, T, S, F, L, C, M
|
T69
|
D, lns
|
T215
|
Y, F, S, C, D, E, I, V
|
V106
|
A, M
|
V32
|
I
|
N83
|
D
|
K70
|
R, E
|
K219
|
Q, E, N, R
|
V179
|
F
|
M46
|
I, L
|
184
|
V, A, C
|
L74
|
V, I
|
|
|
Y181
|
C, I, V
|
I47
|
V, A
|
185
|
V
|
V75
|
M, T, A, S
|
|
|
Y188
|
L, C, H
|
G48
|
V, M
|
N88
|
D, S
|
F77
|
L
|
|
|
G190
|
A, S, E
|
I50
|
V, L
|
L90
|
M
|
Y115
|
F
|
|
|
P225
|
H
|
F53
|
F, Y
|
|
|
F116
|
Y
|
|
|
M230
|
L
|
I54
|
V, L, M, T, A, S
|
|
|
4.3. Исследования по мониторингу приобретенной
резистентности ВИЧ к АРВ препаратам среди пациентов,
получающих АРТ первой линии
Более ранние рекомендации ВОЗ предписывали, что в это исследование должна быть вовлечена когорта, в которую набирается около 130 пациентов, последовательно и впервые включающихся в АРТ первого ряда в одном выбранном ЛПО. Рекомендуемым методом был обсервационный когортный анализ с определением вирусной нагрузки, резистентности и субтипов ВИЧ до начала лечения, на 12-й, 24-й, 36-й месяц лечения, в момент перехода на АРВ второго ряда или отмены терапии. Определение резистентности необходимо проводить в когорте только среди пациентов с определяемой вирусной нагрузкой (более 1000 копий/мл) через 12 мес. после начала АРТ, в момент перехода на АРВ второго ряда или прерывания терапии. Дополнительно должна быть собрана эпидемиологическая, демографическая, клиническая информация, включая опыт применения различных АРВ препаратов с разными целями. Такой метод можно продолжать использовать и в настоящее время, но он требует значительных временных и финансовых затрат. Фактически первые результаты этого исследования можно получить с задержкой как минимум в 1,5 - 2 года. Поэтому ВОЗ предложил разделить эти исследования на два компонента, упростить подходы и тем самым сократить сроки получения результатов исследования.
Новый подход предполагает использование методики выборочного кросс-секционного исследования пациентов с неэффективной АРТ в дозорных ЛПО. Этот подход предполагает, что одномоментно в нескольких ЛПО, предоставляющих АРТ, будут отобраны и изучены пациенты с вирусной нагрузкой (более 1000 копий/мл) через 12 - 15 мес. и 24 - 36 месяцев после начала АРТ. Изучаемые группы в одном ЛПО могут быть значительно меньше (30 - 70 пациентов), в исследование могут быть вовлечены как взрослые, так и дети. За короткий срок этот подход позволяет определить долю пациентов с подавленной вирусной нагрузкой и выработавшейся резистентностью ВИЧ через 12 - 15 и 24 - 36 месяцев после начала АРТ среди взрослого населения и в детской популяции. При таком подходе возможно обеспечить репрезентативную для страны выборку.
Цель: мониторинг эффективности программы лечения ВИЧ-инфекции и оценка частоты возникновения резистентности у пациентов, получающих АРТ первой линии.
Задачи: определить долю пациентов с неэффективностью АРТ первого ряда через 12 мес. после ее начала. Изучение частоты возникновения резистентности у пациентов, получающих АРТ первого ряда, в дозорных участках (специально отобранных территориальных центрах СПИД). Определить структуру выявленных мутаций резистентности ВИЧ. Дополнительной задачей является определение распространенности различных типов и субтипов ВИЧ среди инфицированных ВИЧ, получающих терапию.
Целевая группа: пациенты, нуждающиеся в АРТ и впервые начавшие получать АРТ терапию первого ряда 12, 24 и 36 месяцев назад, в том числе дети в возрасте менее 18 месяцев. Не имеет значения, получали ли пациенты ранее АРВ препараты с целью химиопрофилактики. Но принципиальным является отсутствие изменения схемы терапии и прерывания терапии в течение установленных сроков: 12, 24 и 36 месяцев.
Дизайн исследования: кросс-секционное выборочное исследование с определением вирусной нагрузки, резистентности и субтипов ВИЧ на 12-й (желательно и на 24-й, 36-й месяц после начала лечения).
Объекты проведения исследования: дозорными участками являются территориальные центры по профилактике и борьбе со СПИД, осуществляющие лечение АРВП не менее 500 пациентов с ВИЧ-инфекцией.
Диагностическая проба: 0,5 - 1 мл плазмы крови, отобранной для исследования или для другой клинической цели, например определения CD4 и вирусной нагрузки. Образец крови должен быть забран обязательно до начала приема АРВ препаратов. Каждый образец должен сопровождаться направлением на определение лекарственной резистентности ВИЧ (приложение 3 - не приводится) и информированным согласием на участие в исследовании (приложение 2).
Количество тестов:
Размер выборки определяется с учетом количества получающих АРТ в регионе (минимально 30 - 70 человек по одному ЛПО и всего 300 - 500 пациентов в стране). Для пациентов определяется: CD4, вирусная нагрузка и резистентность, субтип ВИЧ на 12-й и 24-й, 36 месяц лечения.
Все обнаруженные мутации определяются согласно классификации Stanford HIV DR Database (высокий, средний и низкий уровень резистентности ВИЧ).
4.4. Исследования по мониторингу резистентности ВИЧ
перед началом АРВ терапии
Этот вид исследования представляет собой упрощенный подход к проведению второго компонента исследования по мониторингу приобретенной резистентности ВИЧ к АРВ препаратам среди пациентов, получающих АРТ первой линии. Эта информация может быть собрана при проведении когортных исследований, а в некоторых странах стандартным подходом является проведение анализа на резистентность ВИЧ для всех ВИЧ-инфицированных перед началом АРТ. Наименее затратным и более соответствующим текущим потребностям в Российской Федерации является альтернативный вариант - проведение кросс-секционного выборочного исследования среди пациентов, впервые начинающих АРТ.
Цель: оценка эффективности программы лечения ВИЧ-инфекции на популяционном уровне и оценка распространенности резистентности у пациентов до начала АРТ первой линии.
Задачи: Определить долю пациентов, имеющих резистентность перед началом АРТ первой линии. Определить структуру выявленных мутаций резистентности ВИЧ. Дополнительной задачей является определение распространенности различных типов и субтипов ВИЧ среди инфицированных ВИЧ, получающих терапию.
Целевая группа: пациенты, нуждающиеся в АРТ и впервые начавшие получать АРТ терапию первого ряда, в том числе дети в возрасте менее 18 месяцев. Не имеет значения, получал ли пациент ранее АРВ препараты с целью химиопрофилактики.
Дизайн исследования: кросс-секционное выборочное исследование с определением вирусной нагрузки, резистентности и субтипов ВИЧ до начала лечения.
Объекты проведения исследования: дозорными участками являются территориальные центры по профилактике и борьбе со СПИД, осуществляющие лечение АРВП не менее 500 пациентов с ВИЧ-инфекцией.
Диагностическая проба: 0,5 - 1 мл плазмы крови, забранной специально для исследования или для другой клинической цели, например определения CD4 и вирусной нагрузки. Каждый образец должен сопровождаться направлением на определение лекарственной резистентности ВИЧ (приложение 3) и информированным согласием на участие в исследовании (приложение 2).
Количество тестов: в рамках данного исследования размер выборки определяется с учетом количества получающих АРТ в регионе (минимально 30 - 70 человек по одному ЛПО и всего 300 - 500 пациентов в стране). Для пациентов определяется: CD4, вирусная нагрузка и резистентность, субтип ВИЧ до начала лечения.
5. Общие принципы методов для определения лекарственной
устойчивости ВИЧ на основе секвенирования
В настоящее время при исследовании на лекарственную устойчивость ВИЧ анализируются следующие гены: ген протеазы, ген обратной транскриптазы, ген интегразы и ген белка gp120, так как именно они являются основными генами - мишенями для действия основных схем антиретровирусной терапии.
Стандартная методика для выявления резистентности ВИЧ к АРВП на основе генотипирования включает следующие стадии:
- Приготовление проб - выделение РНК;
- Обратная транскрипция;
- Полимеразная цепная реакция (ПЦР);
- Автоматическое детектирование нуклеотидной последовательности (реакция секвенирования);
- Анализ с помощью программного обеспечения (получение консенсусной последовательности);
- Интерпретация полученных результатов (виртуальное фенотипирование).
Для проведения исследования по определению устойчивости ВИЧ к АРВ препаратам используется плазма крови. Для исследования требуется не менее 0,5 - 1 мл плазмы.
Суть реакции секвенирования сводится к проведению реакции амплификации, в состав реакционной смеси которой введены в небольшом количестве терминирующие дидезоксинуклеотидтрифосфаты ddNTP (проводится 4 реакции, каждая с определенным типом ddNTP или одна реакция, в которую вводится 4 типа ddNTP, но каждый тип имеет свою флуоресцентную метку). В ходе реакции ddNTP случайным образом обрывают синтез цепи, при этом остановка осуществляется ddNTP того типа, который комплементарен последней букве до обрыва. В результате такой реакции образуются фрагменты различной длины, последний нуклеотид в которой известен. Далее проводится электрофорез с разрешением в один нуклеотид. По последовательности фрагментов и исходя из знания терминального нуклеотида восстанавливается вся последовательность. В современном оборудовании определение последовательности проводится автоматически.
В соответствии с требованиями по точности во всех тест-системах на каждый анализируемый образец получается несколько электрофореграмм (от 4 до 8) с перекрывающимися последовательностями.
При помощи специального программного обеспечения осуществляется конструирование общей (консенсусной) нуклеотидной последовательности. В соответствии с требованиями ВОЗ полученный результат должен быть пересмотрен оператором.
При организации лаборатории следует учитывать, что проведение реакции секвенирования осуществляется в зоне учета результатов лаборатории, при этом последняя должна быть разделена на две подзоны:
- для проведения электрофореза;
- для проведения подготовительных этапов перед секвенированием (очистка ампликонов), постановки непосредственно реакции секвенирования и детекции результатов методом электрофореза высокого разрешения.
5.1. Основные правила формирования консенсусной
(результирующей) нуклеотидной последовательности
На каждый участок анализируемого фрагмента должно быть получено не менее двух электрофореграмм, в противном случае результат анализа участка считается недостоверным.
Консенсусная последовательность должна быть проверена во всех точках, где автоматическая интерпретация указала на наличие полиморфизма - более одного нуклеотида на позицию указывается специализированным буквенным кодом IUPAC, а также в кодонах, ассоциированных с мутациями устойчивости.
Буквенный код IUPAC для обозначения полиморфных позиций
K
|
G/T
|
W
|
A/T
|
H
|
A/T/C
|
M
|
A/C
|
Y
|
C/T
|
V
|
A/G/C
|
R
|
A/G
|
B
|
C/T/G
|
N
|
A/C/G/T
|
S
|
C/G
|
D
|
A/T/G
|
X
|
Для проверки рекомендуется придерживаться следующих правил:
- Если в двух электрофореграммах для позиции наряду с четкими пиками присутствуют одинаковые подпики, необходимо ввести в позицию вырождение. Если подпик присутствует лишь в одной электрофореграмме, ввести в консенсусную позицию нуклеотид, соответствующий основному пику.
- Если на одной из электрофореграмм в анализируемой позиции присутствует нескольких слабовыраженных пиков одновременно, а на другой электрофореграмме четкий пик, соответствующий какому-либо из нуклеотидов, то в общей последовательности вместо вырождения в анализируемой позиции следует поставить четко интерпретируемый нуклеотид.
- Если на одной из электрофореграмм в анализируемой позиции присутствует несколько четких пиков одновременно, а на другой электрофореграмме один четкий пик, соответствующий какому-либо из нуклеотидов, то в общей последовательности данную позицию следует считать вырожденной.
- Если присутствует эффект смещения (соседние пики накладываются друг на друга), то в общей нуклеотидной последовательности следует указать основание, присутствующее на второй электрофореграмме.
- Если присутствует эффект истощения краски (пики с малой амплитудой), то участок электрофореграммы следует исключить из анализа.
Слабовыраженный пик - пик, высота которого меньше или равна 1/3 средней высоты пиков в электрофореграмме. Четкий пик - пик, высота которого больше 1/3 средней пиков в электрофореграмме.
Полученная общая нуклеотидная последовательность должна быть проанализирована на наличие:
- стоп-кодонов,
- делеций/инсерций,
- нетипичных оснований,
- сдвигов рамок считывания,
- присутствие в смеси нескольких штаммов.
Идентификация каждой мутации должна быть заверена дважды. После получения анализа консенсусной нуклеотидной последовательности в случае обнаружения мутаций резистентности необходимо вернуться к рассмотрению электрофореграмм на позицию аминокислоты, в которой была обнаружена мутация резистентности, и пересмотреть полученные данные (непосредственно пики электрофореграмм).
Для каждой обнаруженной мутации должна быть оценена достоверность ее идентификации. Результаты анализа должны быть заверены ответственным лицом после экспертного пересмотра данных.
5.2. Основные правила интерпретации результатов
Результатом исследования лекарственной устойчивости ВИЧ является список выявленных мутаций вируса, приводящих к фенотипическим изменениям, выражающимся в способности к репликации в присутствии АРВ препарата. Выявленные мутации принято обозначать кодом "аминокислота-кодон-аминокислота", отражающим характер замены. Аминокислоты обозначаются однобуквенными кодами; кодон обозначается номером, по сути, указывающим номер аминокислоты в белке (обратной транскриптазе, протеазе, интегразе). Так как нумерация в каждом белке начинается с единицы, следует всегда указывать, о каком белке (гене) идет речь.
A
|
Аланин
|
G
|
Глицин
|
M
|
Метионин
|
S
|
Серии
|
C
|
Цитозин
|
H
|
Гистидин
|
N
|
Аспарагин
|
T
|
Треонин
|
D
|
Аспарагиновая кислота
|
I
|
Изолейцин
|
P
|
Пролин
|
V
|
Валин
|
E
|
Глутаминовая кислота
|
K
|
Лизин
|
Q
|
Глутамин
|
W
|
Триптофан
|
F
|
Фенилаланин
|
L
|
Лейцин
|
R
|
Аргинин
|
Y
|
Тирозин
|
Например, мутация устойчивости к ламивудину M184V в гене обратной транскриптазы обозначает замену метионина на валин в позиции 184 аминокислоты.
Для проведения интерпретации используют списки известных мутаций резистентности или формализованные алгоритмы виртуального фенотипирования. Данные алгоритмы могут быть включены в программное обеспечение коммерческих тестов для определения лекарственной устойчивости ВИЧ. Однако ввиду постоянного пополнения баз данных мутаций устойчивости ВИЧ и усовершенствования алгоритмов интерпретации рекомендуется использовать международные открытые базы данных, размещенные в сети Интернет. ВОЗ рекомендует использование для интерпретации результатов базу данных и алгоритмы Стэнфордского университета, адрес в Интернете (http://www.hivdb.stanford.edu/). Зеркало алгоритма интерпретации результатов Стэнфордского университета на русском языке реализовано во "Всероссийской базе данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам", адрес в Интернете (http://www.hivresist.pcr.ru). На обоих ресурсах возможна интерпретация как введенной в специализированное окно нуклеотидной последовательности ВИЧ, так и загруженных файлов с последовательностями fasta. Результаты интерпретации представлены в таком виде, что для каждого препарата из группы ингибиторов протеазы и обратной транскриптазы указывается степень устойчивости ВИЧ по шкале чувствительности к препарату (устойчивость низкой, средней или высокой степени). Наличие устойчивости высокой степени является строгим показанием к замене препарата, устойчивости средней и низкой степени допускает сохранение препарата при введении в схему других препаратов, к которым вирус полностью чувствителен (актуально при мультирезистентности).
5.3. Мутации резистентности ВИЧ к нуклеозидным ингибиторам
обратной транскриптазы (НИОТ) (Stanford HIV Drug Resistance
Database summary June 22, 2013)
|
