Сведения о научной (научно-организационной) работе.
Список публикаций:
Публикации в рецензируемых журналах:
Samarkina O.N., Popova A.G., Gvozdik E.Yu., Chkalina A.V., Zvyagin I.V., Rylova Yu.V., Rudenko N.V., Lusta K.A., Kelmanson I.V., Gorokhovatsky A.Yu., Vinokurov L.M. Universal and rapid method for purification of GFP-like proteins by the ethanol extraction. // Protein Expression and Purification, 2009, vol. 65(1), pp.108-113
Mamedov I.Z., Britanova O.V., Chkalina A. V., Staroverov D.B., Amosova A. L., Mishin A.S., Kurnikova M.A., Zvyagin I.V., Mutovina Z.Y., Gordeev A.V., Khaidukov S.V., Sharonov G. V., Shagin D.A., Chudakov D.M., Lebedev Y.B. Individual characterization of stably expanded T cell clones in ankylosing spondylitis patients. // Autoimmunity, 2009, vol. 42(6), pp. 525–536
A. V. Chkalina, I. V. Zvyagin, I. Z. Mamedov, O. V. Britanova, D. B. Staroverov, and Yu. B. Lebedev. The Oligoclonal Expansion of T Cells: the Investigation of Its Stability over Time. // Bioorganicheskaya Khimiya, 2010, vol. 36(2), pp. 206-214
I.V. Zvyagin, I.Z. Mamedov, O.V. Britanova, D.B. Staroverov, E.L. Nasonov, A.G. Bochkova, A.V. Chkalina, A.A. Kotlobay, D.O. Korostin, D.V. Rebrikov, S. Lukyanov, Y.B. Lebedev, D.M. Chudakov. Contribution of functional KIR3DL1 to ankylosing spondylitis. // Cellular and Molecular Immunology, 2010, vol. 7(6), pp. 471-476.
Zvyagin IV, Dorodnykh VY, Mamedov IZ, Staroverov DB, Bochkova AG, Rebrikov DV, Lebedev YB. Association of ERAP1 Allelic Variants with Risk of Ankylosing Spondylitis // Acta Naturae, 2010 Jul;2(3):72-7
Mamedov I.Z., Britanova O.V., Bolotin D. , Chkalina A.V., Staroverov D.B., Zvyagin I.V., Kotlobay A.A., Turchaninova M.A., Fedorenko D.A., Novik, A. A., Sharonov G. V., Lukyanov S., Chudakov D.M., Lebedev Y.B. Quantitative tracking of T cell clones after hematopoietic stem cell transplantation // EMBO Mol Med, 2011, vol. 3(4), pp. 201-207.
Bolotin DA, Mamedov IZ, Britanova OV, Zvyagin IV, Shagin D, Ustyugova SV, Turchaninova MA, Lukyanov S, Lebedev YB, Chudakov DM. Next generation sequencing for TCR repertoire profiling: platformspecific features and correction algorithms // Eur J Immunol. 2012 Nov;42(11):3073-83
Turchaninova MA, Britanova OV, Bolotin DA, Shugay M, Putintseva EV, Staroverov DB, Sharonov G, Shcherbo D, Zvyagin IV, Mamedov IZ, Linnemann C, Schumacher TN, Chudakov DM. Pairing of T-cell receptor chains via emulsion PCR. // Eur J Immunol. 2013 Sep;43(9):2507-15.
Bolotin DA, Shugay M, Mamedov IZ, Putintseva EV, Turchaninova MA, Zvyagin IV, Britanova OV, Chudakov DM. MiTCR: software for T-cell receptor sequencing data analysis. // Nature Methods. 2013 Sep;10(9):813-4.
Mamedov IZ, Britanova OV, Zvyagin IV, Turchaninova MA, Bolotin DA, Putintseva EV, Lebedev YB, Chudakov DM. Preparing unbiased T-cell receptor and antibody cDNA libraries for the deep next generation sequencing profiling. // Front Immunol. 2013 Dec 23;4:456.
Zvyagin IV, Pogorelyy MV, Ivanova ME, Komech EA, Shugay M, Bolotin DA, Shelenkov AA, Kurnosov AA, Staroverov DB, Chudakov DM, Lebedev YB, Mamedov IZ. Distinctive properties of identical twins' TCR repertoires revealed by high-throughput sequencing. // Proc Natl Acad Sci USA. 2014 Apr 22;111(16):5980-5.
Nazarov VI, Pogorelyy MV, Komech EA, Zvyagin IV, Bolotin DA, Shugay M, Chudakov DM, Lebedev YB, Mamedov IZ. tcR: an R package for T-cell receptor repertoire data analysis // BMC Bioinformatics, 2015 May 28;16:175.
Shugay M, Bagaev DV, Turchaninova MA, Bolotin DA, Britanova OV, Putintseva EV, Pogorelyy MV, Nazarov VI, Zvyagin IV, Kirgizova VI, Kirgizov KI, Skorobogatova EV, Chudakov DM. VDJtools: Unifying Post-analysis of T Cell Receptor Repertoires. // PLoS Comput Biol. 2015 Nov 25;11(11):e1004503.
Nazarov VI, Minervina AA, Komkov AY, Pogorelyy MV, Maschan MA, Olshanskaya YV, Zvyagin IV, Chudakov DM, Lebedev YB, Mamedov IZ. Reliability of immune receptor rearrangements as genetic markers for minimal residual disease monitoring. Bone Marrow Transplant. 2016 May 23. doi: 10.1038/bmt.2016.148. [Epub ahead of print]
Bagaev DV, Zvyagin IV, Putintseva EV, Izraelson M, Britanova OV, Chudakov DM, Shugay M. VDJviz: a versatile browser for immunogenomics data. BMC Genomics. 2016 Jun 13;17(1):453.
Zvyagin IV, Mamedov IZ, Tatarinova OV, Komech EA, Kurnikova EE, Boyakova EV, Brilliantova V, Shelikhova LN, Balashov DN, Shugay M, Sycheva AL, Kasatskaya SA, Lebedev YB, Maschan AA, Maschan MA, Chudakov DM. Tracking T-cell immune reconstitution after TCRαβ/CD19-depleted hematopoietic cells transplantation in children. // Leukemia. 2016 Nov 4. doi: 10.1038/leu.2016.321. [Epub ahead of print]
Тезисы конференций:
Звягин И.В., Самаркина О.Н., Чкалина А.В., Попова А.Г., Лушников К.В.. Возняк М.В., Руденко Н.В.. Винокуров Л.М. Разработка иммуноферментной тест-системы для определения афлатоксинов В1 и Ze. // X Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», 17-26 апреля 2006, Пущино, стр. 370-371;
Звягин И.В. Чкалина А.В., Руденко Н.В., Лебедев Ю.Б., Винокуров Л.М. Биолюминесцентный иммуноферментный анализ на основе нового конъюгата стрептавидина и люциферазы из Gaussia princeps в приложении к определению афлатоксина В1. // XI международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», 29 октября – 2 ноября 2007, Пущино, стр. 202;
Попова А.Г., Самаркина О.Н., Гвоздик Е.Ю., Рылова Ю.В., Чкалина А.В., Звягин И.В., Луста К.А., Гороховатский А.Ю., Руденко Н.В., Винокуров Л.М. Экспрессия и выделение GFP-подобных белков, исследование их физико-химических и иммунохимических свойств. // XI международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», 29 октября – 2 ноября 2007, Пущино, стр. 214;
Звягин И.В., Чкалина А.В., Руденко Н.В., Возняк М.В., Лебедев Ю.Б., Винокуров Л.М. Новый биолюминенсцентный конъюгат на основе стрептавидина и люциферазы из Gaussia princeps в приложении к определению афлатоксина В1. // XX зимняя международная молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», 11-15 февраля 2008, Москва, стр. 133.
Mamedov I.Z., Britanova O.V., Chkalina A. V., Staroverov D.B., Amosova A. L., Mishin A.S., Kurnikova M.A., Zvyagin I.V., Mutovina Z.Y., Gordeev A.V., Khaidukov S.V., Sharonov G. V., Shagin D.A., Lukyanov S.A., Chudakov D.M., Lebedev Y.B. Characterization of stably expanded T cell clones of ankylosing spondylitis patients. // British Society for Immunology Congress 2008, 17-21 November 2008, Glasgow, UK.
Звягин И.В., Чкалина А.В., Котлобай А.А., Анисимова В.Е., Мамедов И.З., Лебедев Ю.Б. Создание гибридных белков, содержащих TCR-Vb, для элиминации семейства Т-лимфоцитов. // XXI зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», 9-11 февраля 2009, Москва, стр. 58.
Чкалина А.В., Звягин И.В., Мамедов И.З., Лебедев Ю.Б. Новый метод выявления клональной экспансии Т-лимфоцитов. // XXI зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», 9-11 февраля 2009, Москва, стр. 60.
Mamedov I.Z., Britanova O.V., Chkalina A.V., Zvyagin I.V., Staroverov D.B., Amosova A.L., Chudakov D.M., Lebedev Y.B. Detection, study of stability and characterization of expanded T cell clones in patients with AS // 15th International Summer School on Immunology “IMMUNE SYSTEM: GENES, RECEPTORS AND REGULATION”, September 5 – 12, 2009, Hvar, Croatia; pp. 134
I.V. Zvyagin, I.Z. Mamedov, A.V. Chkalina, D.M. Chudakov, S.A. Lukyanov, Y.B. Lebedev. Involvement of KIR3D receptor functional variants in ankylosing spondylitis initiation. // New Biotechnology, vol. 275, pp. s60 (4th ESF Conference on Functional Genomics & Disease, 14-17 April 2010, Dresden, Germany).
I. V. Zvyagin, V. Y. Dorodnykh, I. Z. Mamedov, A. V. Chkalina, D. M. Chudakov, Y. B. Lebedev. Analysis of association of 5 ERAP1 SNPs and KIR3D alleles in patients with ankylosing spondylitis. // 14th International Congress on Immunology, August 22-27, 2010, Kobe, Japan, pp. I128
Звягин И.В., Мамедов И.З., Лебедев Ю.Б. Разработка подходов к восстановлению толерантности цитотоксических клеток при аутоиммунных патологиях. // школа-конференция «Фундаментальная наука для биотехнологии и медицины 2010», 16-17 сентября 2010 г., Москва, материалы конференции, с. 34.
Dorodnykh Valeria, Zvyagin Ivan, Mamedov Ilgar, Chudakov Dmitry, Lukyanov Sergey, Lebedev Yuriy. Individual genome variability of patients with ankylosing spondilitis. // Human genome meeting 2011, March 14-17, 2011, Dubai, UAE; Abstract book, pp. 216
I. Z. Mamedov, I. V. Zvyagin, S. V. Ustyugova, V. Y. Dorodnykh, O. V. Britanova, D. A. Bolotin, D. M. Chudakov, Y. B. Lebedev. The new method for quantitative tracking of T cell clones. // European Human Genetics Conference, May 28-31, 2011, Amsterdam, The Netherlands; European Journal of Human Genetics, 2011, Vol. 19, Supplement 2, pp.299.
V. Y. Dorodnykh, I. V. Zvyagin, A. V. Chkalina, I. Z. Mamedov, D. M. Chudakov, S. A. Lukyanov, Y. B. Lebedev. Comprehensive study of genetic factors determining the development of rheumatic autoimmune diseases in humans. // European Human Genetics Conference, May 28-31, 2011, Amsterdam, The Netherlands; European Journal of Human Genetics, 2011, Vol. 19, Supplement 2, pp.288
I. V. Zvyagin, I. Z. Mamedov, A. V. Chkalina, V. Y. Dorodnykh, D. M. Chudakov, S. A. Lukyanov, Y. B. Lebedev. Role of KIR3D receptor functional variants in ankylosing spondylitis. // European Human Genetics Conference 2011, May 28-31, 2011, Amsterdam, The Netherlands; European Journal of Human Genetics, 2011, Vol. 19, Supplement 2, pp.383
I. Zvyagin, V. Dorodnykh, I. Mamedov, D. Khmelkova, A. Chkalina, D. Chudakov, S. Lukyanov, Y. Lebedev. Analysis of association of several non-MHC loci with ankylosing spondylitis in Russian population // 36th FEBS Congress, 25-30 June 2011, Torino, Italy; Abstract book, pp.255.
D Bolotin, I Mamedov, O Britanova, I Zvyagin, D Shagin, S Ustyugova, M Turchaninova, S Lukyanov, Y Lebedev, D Chudakov NEXT GENERATION SEQUENCING FOR TCR REPERTOIRE PROFILING: PLATFORM-SPECIFIC LIBRARY PREPARATION AND DATA ANALYSIS // 16th International HLA and Immunogenetics Workshop Liverpool from 28th May to 3rd June 2012
М.В. Погорелый, Е.А. Комеч, В.И. Назаров, И.В. Звягин, Ю.Б. Лебедев, И.З. Мамедов Исследование репертуара TCR монозиготных и дизиготных близнецов, сборник тезисов XXVI Зимней молодежной научной школы “Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии”, 2014
Комеч Е.А., Звягин И.В., Погорелый М.В., Назаров В.И., Мамедов И.З., Лебедев Ю.Б. Характеристика клонального репертуара Т-лимфоцитов у больных анкилозирующим спондилитом // Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии: сборник тезисов XXVI зимней молодежной науч. школы; под ред. д.х.н. Т.В Овчинниковой, к.б.н. Л.И. Петровой – Москва, 2014. – с.112.
Pogorelyy MV, Zvyagin IV, Ivanova ME, Bolotin DA, Chudakov DM, Lebedev YB, Mamedov IZ “Deep analysis of TCR repertoires of twins by next generation sequencing”, European Journal of Human genetics, Vol. 22 sup. 1, 2014
Comprehensive analysis of clonal TCR repertoire in patients with ankilosing spondylitis and HLA-B27+ healthy donors // Komech EA, Zvyagin IV, Nazarov VI, Pogorelyy MV, Mamedov IZ, Lebedev YB. Acta Naturae, Special issue №1, p. 55, 2014
Pogorelyy MV, Nazarov VI, Komech EA, Zvyagin IV, Mamedov IZ, Lebedev YB. Open software development for T-cell receptor repertoire data analysis // Acta Naturae, Special issue №1, p. 38 2014
I.V. Zvyagin, M.V. Pogorelyy, D.M. Chudakov, Y.B. Lebedev, I.Z. Mamedov. Are the T-cell repertoires of genetically identical twins similar? // CEITEC Annual Conference Brno 2014: Frontiers in material and life sciences, Brno, 21-24.10.2014, pp. 254
В.И.Назаров, М.В.Погорелый, И.В.Звягин, Ю.Б.Лебедев, И.З.Мамедов. Алгоритм для вычисления полных вероятностей сборки Т-клеточных рецепторов альфа-бета цепей // XXVII Зимняя молодежная научная школа “Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии”, Москва, Февраль 2015.
E. A. Komech, I. V. Zvyagin, M. V. Pogorelyy, V. I. Nazarov, A. G. Bochkova, I. Z. Mamedov, Y. B. Lebedev. Clonal T-cell repertoire analysis of patients with ankylosing spondylitis and HLA-B27+ healthy donors // 4th European Congress on immunology, Vienna, 06-09 Sept 2015, pp. 119
I. V. Zvyagin, I. Z. Mamedov, E. A. Komech, O. Tatarinova, M. Maschan, D. M. Chudakov, Y. B. Lebedev. Deep sequencing analysis of T cell repertoire reconstitution after hematopoietic cells transplantation // 4th European Congress on immunology, Vienna, 06-09 Sept 2015, pp. 169
V. I. Nazarov, M. V. Pogorelyy, I. V. Zvyagin, E. A. Komech, I. Z. Mamedov, Y. B. Lebedev. Efficient algorithm for computing the generation probability of an immune receptor nucleotide sequence // 4th European Congress on immunology, Vienna, 06-09 Sept 2015, pp. 435
Звягин И.В., Мамедов И.З., Татаринова О.В., Комеч Е.А., Курникова Е.Е., Масчан А.А., Масчан М.А., Чудаков Д.М. МОНИТОРИНГ КЛОНАЛЬНОГО РЕПЕРТУАРА Т-ЛИМФОЦИТОВ ПРИ ТРАНСПЛАНТАЦИИ АЛЛОГЕННЫХ ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК. Гематология и трансфузиология, приложение 1, том 61, 2016, сборник тезисов III Конгресса гематологов, Москва, 14-16 апреля 2016
Комеч Е.А., Звягин И.В., Назаров В.И., Израельсон М.А., Лебедев Ю.Б., Мамедов И.З. Разработка системы для HLA-генотипирования человека с использованием высокопроизводительного секвенирования // XXVIII Зимняя молодежная научная школа “Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии” – 8-11.02.2016. – Москва – Cборник тезисов – с.175.
Ivan Zvyagin, Ilgar Mamedov, Olga Tatarinova, Ekaterina Komech, Yuri Lebedev, Mikhail Maschan, Dmitry Chudakov. T cell repertoire profiling after hematopoietic stem cell transplantation with alpha-beta t cell depletion. 4th European Congress on Computational Biology, abstract book of W5 – RepSeq 2016: Immune repertoire sequencing: bioinformatics and applications in haematology and immunology, September 3, 2016, Hague, The Netherlands
E.Komech, I. Zvyagin, E. Shmidt, A. Klimenko, N. Shostak, I. Mamedov, Y. Lebedev. Shared T-cell clones are found in synovial fluid of patients with ankylosing spondylitis // 12th EJI-EFIS Tatra Immunology Conference — 03-07.09.2016 — Strbske Pleso, Slovakia. — Abstract book — p. 39.
Ivan Zvyagin, Olga Tatarinova, Ilgar Mamedov, Ekaterina Eomech, Alexey Maschan, Larisa Shelikhova, Elena Kurnikova, Elena Boyakova, Yuri Lebedev, Michael Maschan, Dmitry Chudakov. T cell repertoire after alpha/beta-t cell depleted allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in pediatric patients, Blood, v.128 (22), p. 4582, Abstracts of 58th annual meeting of American Society of Hematology, December 3-6, 2016, San Diego, CA, USA
Патенты:
Орлова Н.А., Воробьев И.И., Звягин И.В., Шендер В.О. Нетранскрибируемый плазмидный вектор pBL-T для клонирования сложных геномных последовательностей и многомодульной сборки генно-инженерных конструкций, и набор, содержащий указанный вектор.// Заявка на изобретение №2011146242 от 16.11.2011)
Орлова Н.А., Воробьев И.И., Мацкевич В.А., Звягин И.В. Экспрессионная плазмида, содержащая фрагмент ДНК, кодирующий мутеин [C112S] лёгкой цепи энтерокиназы человека, бактерия E. coli - продуцент белка-предшественника мутеина [C112S] лёгкой цепи энтерокиназы человека, способ получения рекомбинантного мутеина [C112S] лёгкой цепи энтерокиназы человека, рекомбинантный мутеин [C112S] лёгкой цепи энтерокиназы человека.// Заявка на изобретение № 2011121471 от 30.05.2011
Список грантов, научных контрактов и договоров, в выполнении которых участвовал претендент:
грант РФФИ 08-04-01131а (2008-2010) – исполнитель;
грант РФФИ 08-04-12056-офи (2008-2009) – исполнитель;
грант РФФИ 10-04-01771-а (2010-2012) – исполнитель, руководитель в 2012 году;
грант РФФИ 11-04-12042-офи-м (2011-2012) – исполнитель;
грант РФФИ 11-04-01159-а (2011-2013) – исполнитель;
грант РФФИ 12-04-33065-мол-a-вед (2013-2014) – исполнитель;
грант РФФИ 13-04-01124-а (2013-2015) – исполнитель;
грант Фонда Дмитрия Зимина «Династия» № ДП–Б-19/13 (2013-2015) – руководитель;
грант РФФИ 14-04-01823-a (2014-2016) – исполнитель;
госкотракт с Минобр №14.604.21.0118 (2014-2016гг) - исполнитель;
грант Программы Президиума РАН «Фундаментальные исследования для разработки биомедицинских технологий» (2014-17гг) - ответственный исполнитель;
гранты Программы Президиума РАН «Молекулярная и Клеточная Биология» (2008-2012, 2013-2018гг) – ответственный исполнитель;
грант РНФ 15-15-00178 (2015-2017) - ответственный исполнитель;
грант Президента РФ MK4583.2015.4 (2015-2016) — руководитель;
грант РФФИ 14-04-01062-a (2014-2015) – руководитель;
госкотракт с Минобр № 14.607.21.0158 (2016-2018) - ответственный исполнитель;
грант РНФ 17-15-01512 (2017-2019) - ответственный исполнитель;
грант РФФИ 16-04-01881-а (2016-2018) - руководитель
Сведения о личном участии претендента в научных мероприятиях:
X Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», 17-26 апреля 2006, Пущино – стендовый доклад;
XI международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», 29 октября – 2 ноября 2007, Пущино - – стендовый доклад;
XX зимняя международная молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», 11-15 февраля 2008, Москва – стендовый доклад;
XXI зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», 9-11 февраля 2009, Москва – стендовый доклад;
4th ESF Conference on Functional Genomics & Disease, 14-17 April 2010, Dresden – стендовый доклад;
14th International Congress on Immunology, August 22-27, 2010, Kobe – стендовый доклад;
European Human Genetics Conference 2011, May 28-31, 2011, Amsterdam – стендовый доклад;
36th FEBS Congress, 25-30 June 2011, Torino –стендовый доклад;
CEITEC Annual Conference Brno 2014: Frontiers in material and life sciences, Brno – стендовый доклад;
4th European Congress on immunology, Vienna, 06-09 Sept 2015 – стендовый доклад;
2nd Workshop nTAïDA: “Microbiome & Immune Repertoire”, April 24, 2015, Paris – устный доклад;
III Конгресс гематологов, Москва, 14-16 апреля 2016 – устный доклад;
4th European Congress on Computational Biology: W5 – RepSeq 2016: Immune repertoire sequencing: bioinformatics and applications in haematology and immunology, September 3, 2016, Hague – устный доклад;
58th annual meeting of American Society of Hematology, December 3-6, 2016, San Diego – стендовый доклад;
Зимняя школа Future Biotech 2017 “Персонализированная медицина”, 14-18 февраля, 2017, Москва – приглашенный доклад
Сведения о педагогической деятельности:
Руководство выполнением 2 бакалаврских, 1 магистерской работ, 1 дипломной работы специалиста студентов МГУ им М.В.Ломоносова, МГТУ им. Н.Э.Баумана.
Соруководитель 1 аспирантской работы в ИБХ РАН, 2 магистерских работ студентов МГУ им М.В.Ломоносова и Сколковского института науки и технологий.
Проведение 2 циклов курса теоретико-практических занятий «Геномная вариабельность» для одаренных детей-старшеклассников в рамках смены по направлению «Наука» в образовательном центре «Сириус», октябрь 2016.
Участие в организации и проведение научно-образовательной смены для одаренных детей-старшеклассников в образовательном центре «Сириус» - октябрь 2016
Сведения о премиях и наградах за научную и педагогическую деятельность:
Победитель конкурса «Лучшие аспиранты РАН» 2010 г.
Победитель конкурса стипендий Президента России для поддержки перспективных студентов и аспирантов, 2012г.
Победитель конкурса лучших молодых ученых Института Биоорганической Химии РАН, 2012
Победитель конкурса грантов Фонда Дмитрия Зимина «Династия» для молодых кандидатов наук в области молекулярной и клеточной биологии, 2013 г.
|
