ИНСТРУКЦИЯ
по применению тест-системы «ЧИС» для определения видовой принадлежности тканей кур и свиней методом полимеразной цепной реакции
|
(организация-производитель – ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, г. Москва)
|
Тест-система «ЧИС» для выявления и идентификации ДНК курицы домашней (Gallus gallus) и свиньи домашней (Sus scrofa) методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) выпускается в одном формате:
Формат EPh – для выявления ДНК Gallus gallus и Sus scrofa методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с электрофоретической детекцией продуктов амплификации в агарозном геле.
I. Общие положения
1 Форматы и формы выпуска тест-системы:
Формат EPh
Тест-система «ЧИС» формат EPh, рассчитанная на проведение 50 анализов, включая контроли, выпускается в двух формах комплектации:
Форма 1 включает:
«ДНК-сорб-С» вариант 50 – комплект реагентов для экстракции ДНК из клинического материала, продуктов питания и кормов для животных;
«ПЦР-комплект» вариант 50 R – комплект реагентов для амплификации ДНК Gallus gallus и Sus scrofa;
«ЭФ» вариант 200 – комплект реагентов для электрофоретической детекции продуктов амплификации в агарозном геле.
Форма 2 включает:
«ПЦР-комплект» вариант 50 R – комплект реагентов для амплификации ДНК Gallus gallus и Sus scrofa.
Форма комплектации 1 предназначена для проведения полного ПЦР-исследования, включающего экстракцию ДНК, амплификацию ДНК Gallus gallus и Sus scrofa и электрофоретическую детекцию.
Форма комплектации 2 предназначена для проведения амплификации ДНК Gallus gallus и Sus scrofa. Для проведения полного ПЦР-исследования необходимо использовать комплекты реагентов для экстракции ДНК, электрофоретической детекции, рекомендованные ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.
1.1 Комплект реагентов «ДНК-сорб-С» вариант 50 состоит из следующих компонентов:
Буфер для лизирующего реагента 1 флакон, 20,0 см3 (мл)
Лизирующий реагент 1 пробирка, 0,85 см3 (мл)
Раствор для отмывки 1 1 флакон, 15,0 см3 (мл)
Раствор для отмывки 2 1 флакон, 50,0 см3 (мл)
Сорбент универсальный 1 пробирка, 1,25 см3 (мл)
ТЕ-буфер для элюции ДНК 1 пробирка, 5,0 см3 (мл)
Комплект реагентов рассчитан на экстракцию ДНК из 50 проб, включая контроли.
1.2 Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант 50 R состоит из следующих компонентов:
ПЦР-смесь-1-R Gallus gallus / Sus scrofa 55 пробирок по 0,005 см3 (мл)
ПЦР-смесь-1-R ВКО 55 пробирок по 0,005 см3 (мл)
ПЦР-смесь-2 blue 2 пробирки по 0,6 см3 (мл)
Минеральное масло для ПЦР 1 флакон, 4,0 см3 (мл)
К+ Gallus gallus 1 пробирка, 0,2 см3 (мл)
К+ Sus scrofa 1 пробирка, 0,2 см3 (мл)
К– 1 пробирка, 0,2 см3 (мл)
Комплект реагентов рассчитан на 55 реакций амплификации, включая контроли.
К комплекту реагентов прилагаются контрольные образцы этапа экстракции:
ОКО 1 пробирка, 1,6 см3 (мл)
ВКО комплексный 1 пробирка, 1,0 см3 (мл)
1.3 Комплект реагентов «ЭФ» вариант 200 состоит из следующих компонентов:
Трис-боратный буфер (ТБЕ)
концентрированный с бромидом этидия 1 флакон, 50 см3 (мл)
Агароза для электрофореза ДНК 2 флакона по 1,7 г
Комплект реагентов рассчитан на электрофоретический анализ 240 образцов (из расчета 100 мл геля – 5 рядов по 24 лунки).
2 Упаковка и маркировка.
На пробирках (флаконах) с каждым компонентом должна быть наклеена этикетка с указанием краткого наименования компонента, количества препарата в пробирке, номера серии и даты изготовления. Комплекты реагентов упаковывают в отдельные застегивающиеся пакеты из полиэтилена. На каждый пакет наклеивают (или вкладывают) этикетку с указанием наименования комплекта, перечня компонентов, входящих в комплект, количества пробирок каждого компонента, количества препарата в каждой пробирке (флаконе), номера серии комплекта, условий хранения, даты изготовления, срока годности.
Комплекты реагентов вкладывают в картонную коробку (пакет из полиэтилена). На каждую упаковку тест-системы наклеивают (или вкладывают) этикетку, на которой указывают: наименование предприятия-изготовителя, полное наименование тест-системы, перечень комплектов, входящих в тест-систему, номер серии, дату изготовления, срок годности, условия хранения, обозначения ТУ/СТО и надпись «Для животных». В каждую упаковку вкладывают инструкцию по применению тест-системы.
3 Транспортирование и хранение.
Тест-систему транспортировать при температуре от 2 до 8 °С не более 5 сут. При получении разукомплектовать в соответствии с указанными температурами хранения. Комплект реагентов «ДНК-сорб-С» (кроме лизирующего реагента) хранить при температуре от 2 до 25 °С. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» и лизирующий реагент (из комплекта реагентов «ДНК-сорб-С») хранить при температуре от 2 до 8 °С. Комплект реагентов «ЭФ» хранить при температуре от 18 до 25 °С в защищенном от света месте.
4 Срок годности тест-системы – 12 месяцев с даты изготовления.
II. ПРИНЦИП МЕТОДА
5 Метод выявления и идентификации ДНК курицы домашней (Gallus gallus) и свиньи домашней (Sus scrofa) основан на экстракции ДНК из материала совместно с ДНК экзогенного неконкурентного внутреннего контрольного образца (ВКО) и проведении амплификации полученной ДНК. Детекция продуктов амплификации осуществляется с помощью электрофореза в агарозном геле.
6 Использование экзогенного ВКО позволяет контролировать основные этапы ПЦР-анализа (экстракцию ДНК и проведение амплификации ДНК).
III. АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ
Аналитическая чувствительность
Вид биологического материала
|
Комплект для экстракции ДНК
|
Комплект для амплификации
и детекции
|
Аналитическая чувствительность, копий ДНК/мл
|
- Рыбная и мясная мука;
- комбикорма для крупного и мелкого рогатого скота;
- комбикорма для племенной птицы;
- сухие и консервированные корма для непродуктивных животных;
- сырые мясные продукты и мясные продукты, подвергшиеся кулинарной обработке.
|
«ДНК-сорб-С» вариант 50
|
«ПЦР-комплект» вариант 50 R
|
5х103
для последовательностей ДНК Gallus gallus и Sus scrofa
|
Аналитическая специфичность
Отсутствует положительная реакция при тестировании с ДНК животных, не принадлежащих к видам Gallus gallus и Sus scrofa.
IV. порядок отбора и подготовки проб
7 Тест-система предназначена для выявления и идентификации ДНК курицы домашней (Gallus gallus) и свиньи домашней (Sus scrofa) в кормах для животных и продуктах питания:
в рыбной и мясной муке;
в комбикормах для крупного и мелкого рогатого скота;
в комбикормах для племенной птицы;
в сухих и консервированных кормах для непродуктивных животных (собак, кошек);
в сырых мясных продуктах (частях туши, фарше и т.д.) и в мясных продуктах, подвергшихся кулинарной обработке.
8 Взятие, транспортирование и хранение материала для исследования.
8.1 Пробы рыбной муки, сухого корма для непродуктивных животных, комбикорма, находящихся в мешках или небольших насыпях на складе, отбирают по ГОСТ 13496.0 «Комбикорма, сырье. Методы отбора проб».
8.2 Консервированные корма отбирают по ГОСТ 8756.0 «Продукты пищевые консервированные. Отбор проб и подготовка их к испытанию».
8.3. Каждый образец отбирают отдельным набором инструментов.
8.4 Образцы сырья, продуктов питания и кормов для животных транспортируют и хранят согласно условиям хранения, указанным производителем. Образцы скоропортящихся продуктов рекомендуется хранить при температуре не выше минус 16 °C. Длительность транспортирования не должна превышать срока годности продукта.
9 Подготовка исследуемого материала.
9.1 Для подготовки проб необходимо использовать одноразовые полипропиленовые пробирки, стерильные инструменты – пинцеты, скальпели, ножницы. Гомогенизацию образцов проводят с использованием стерильных ступок и пестиков или автоматических гомогенизаторов.
9.2 Пробы плотных продуктов, сухих гранулированных и сыпучих продуктов отбирают в ступку по 5 – 10 г и растирают до гомогенного состояния.
9.3 Пробу мясных продуктов (сырых или подвергшихся кулинарной обработке) весом 1 2 г, измельчают ножницами, затем растирают до гомогенного состояния.
V. Проведение ПЦР-анализа.
10 ПЦР-анализ проводят в три этапа в отдельных помещениях (зонах).
Для работы требуются следующие материалы и оборудование.
10.1 ЗОНА 1 (этап 1) – для экстракции ДНК из проб:
стерильный ламинарный шкаф (например, «БАВп-01-«Ламинар-С»-1,2», «Ламинарные системы», Россия).
термостат для пробирок типа «Эппендорф» от 25 до 100 °С (например, «ТЕРМО 24-15», «Биоком», Россия).
вакуумный отсасыватель медицинский с колбой-ловушкой для удаления надосадочной жидкости (например, «ОМ-1», Россия).
микроцентрифуга для пробирок типа «Эппендорф» до 16 тыс об/мин (например, MiniSpin, Eppendorf, Германия).
вортекс (например, «ТЭТА-2», «Биоком», Россия).
набор электронных или механических дозаторов переменного объема (например, «Ленпипет», Россия).
одноразовые наконечники для дозаторов переменного объема с фильтром до 200 мкл и до 1000 мкл (например, Axygen, США).
одноразовые наконечники для дозаторов переменного объема до 200 мкл (например, Axygen, США).
одноразовые полипропиленовые завинчивающиеся или плотно закрывающиеся пробирки объемом 1,5 мл (например, Axygen, США).
штативы для пробирок объемом 1,5 мл (например, «ИнтерЛабСервис», Россия) и наконечников (например, Axygen, США).
холодильник от 2 °С до 8 °С с морозильной камерой от минус 24 °С до минус 16 °С.
отдельный халат и одноразовые перчатки.
емкость с дезинфицирующим раствором.
комплект средств для обработки рабочего места.
10.2 ЗОНА 2 (этап 2) – для проведения амплификации:
амплификатор для пробирок 0,5 мл (например, «Терцик», ЗАО «НПФ ДНК-Технология», Россия, или эквивалентный); для пробирок 0,2 мл (например, GeneAmp PCR System 2700 (Applied Biosystems), США, или эквивалентный).
ПЦР-бокс (например, «БАВ-ПЦР-«Ламинар-С», «Ламинарные системы», Россия).
вортекс (например, «ТЭТА-2», «Биоком», Россия).
набор электронных или механических дозаторов переменного объема (например, «Ленпипет», Россия).
одноразовые наконечники для дозаторов переменного объема с фильтром до 200 мкл (например, Axygen, США).
штативы для наконечников (например, Axygen, США) и пробирок (например, «ИнтерЛабСервис», Россия).
холодильник от 2 °С до 8 °С с морозильной камерой от минус 24 °С до минус 16 °С.
отдельный халат и одноразовые перчатки.
емкость для сброса наконечников.
комплект средств для обработки рабочего места.
10.3 ЗОНА 3 (этап 3) – для детекции продуктов амплификации методом электрофореза в агарозном геле:
камера для горизонтального электрофореза объемом не более 400 мл (например, SE-2, «Хеликон», Россия).
источник постоянного тока с напряжением 150-460 В (например, «Эльф-4», ЗАО «НПФ ДНК-Технология», Россия).
ультрафиолетовый трансиллюминатор с кабинетом для просмотра гелей (например, «Биоком», Латвия).
видеосистема с цифровой видеокамерой для регистрации результатов («Биотест-1», ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия; BioRad, США).
аквадистиллятор.
холодильник от 2 °С до 8 °С.
микроволновая печь для плавления агарозы.
колба коническая из термостойкого стекла (ГОСТ 21400-75) для плавления агарозы на 250 мл.
мерный цилиндр на 1 л (ГОСТ 1770-74).
штатив для пробирок на 0,5 мл (например, «ИнтерЛабСервис», Россия).
отдельный дозатор объемом 10-40 мкл (например, «Ленпипет», Россия).
одноразовые наконечники до 200 мкл в штативе (например, Axygen, США).
пластиковая емкость на 5 л для дезактивации буфера и гелей, содержащих бромид этидия.
отдельный халат и одноразовые перчатки.
11 Порядок работы.
11.1 ЭТАП 1 (зона 1). Экстракция ДНК из исследуемого материала.
Буфер для лизирующего реагента и раствор для отмывки 1 (если они хранились при температуре от 2 °С до 8 °С) прогреть при температуре 64 °С до полного растворения кристаллов. Проверить сорбент – при отстаивании он должен занимать половину объема суспензии.
Отобрать необходимое количество одноразовых пробирок объемом 1,5 мл (включая отрицательный и положительный контроли экстракции). В пробирки, предназначенные для исследуемых проб, внести по 10–30 мг исследуемых проб. В пробирки контролей экстракции ДНК внести по 50 мкл ОКО.
Отдельными наконечниками с фильтром внести в каждую пробирку по 400 мкл буфера для лизирующего реагента и по 17 мкл лизирующего реагента. Тщательно перемешать содержимое пробирок.
Инкубировать пробирки при температуре 64 °С в течение 1 ч, периодически встряхивая на вортексе (не менее 5 раз).
Осадить нерастворенные частицы образцов центрифугированием при 12–14 тыс об/мин в течение 5 мин.
Надосадочную жидкость в объеме 200 – 350 мкл очень аккуратно (так, чтобы не попали взвешенные частицы и капли жира) отобрать отдельными наконечниками с фильтром и перенести в новые пробирки.
Отдельными наконечниками с фильтром внести в каждую пробирку по 20 мкл ВКО комплексного. Содержимое пробирок тщательно перемешать на вортексе.
Пробы прогреть 5 мин при температуре 64 °С. Еще раз перемешать и процентрифугировать 5 с при 5 тыс об/мин на микроцентрифуге для сброса капель с крышки пробирки.
Тщательно ресуспендировать сорбент универсальный на вортексе. В каждую пробирку отдельным наконечником добавить по 25 мкл ресуспендированного сорбента универсального. Перемешать на вортексе, оставить в штативе на 10–15 мин, перемешивая через каждые 2 мин.
Осадить сорбент универсальный в пробирках центрифугированием при 5 тыс об/мин в течение 1 мин. Удалить надосадочную жидкость, используя вакуумный отсасыватель и отдельный наконечник для каждой пробы.
Добавить в пробы по 300 мкл раствора для отмывки 1, перемешать на вортексе до полного ресуспендирования сорбента универсального. Осадить сорбент универсальный центрифугированием при 5 тыс об/мин на микроцентрифуге в течение 1 мин. Удалить надосадочную жидкость, используя вакуумный отсасыватель и отдельный наконечник для каждой пробы.
Добавить в пробы по 500 мкл раствора для отмывки 2, перемешать на вортексе до полного ресуспендирования сорбента универсального, процентрифугировать 1 мин при 10-12 тыс об/мин на микроцентрифуге. Отобрать надосадочную жидкость, используя вакуумный отсасыватель и отдельный наконечник для каждой пробы.
Повторить процедуру отмывки раствором для отмывки 2, отобрать надосадочную жидкость полностью.
Поместить пробирки в термостат при температуре 64 °С на 5-10 мин для подсушивания сорбента универсального. При этом крышки пробирок должны быть открыты.
В пробирки добавить по 50 мкл ТЕ-буфера для элюции ДНК. Перемешать на вортексе. Поместить в термостат при температуре 64 °С на 5–8 мин, периодически (1 раз в мин) встряхивая на вортексе.
Процентрифугировать пробирки при 12-14 тыс об/мин в течение 1 мин на микроцентрифуге. Надосадочная жидкость содержит очищенную ДНК (ДНК-проба). Указанный материал готов к постановке ПЦР.
Раствор ДНК можно хранить в течение недели при температуре от 2 °С до 8 °С или длительно при температуре не выше минус 16 С.
11.2. ЭТАП 2 (зона 2). Проведение амплификации.
А. Подготовка пробирок для проведения ПЦР.
Отобрать необходимое количество пробирок с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa и ПЦР-смесью-1-R ВКО для амплификации ДНК исследуемых и контрольных проб.
На поверхность воска внести по 10 мкл ПЦР-смеси-2 blue, при этом она не должна проваливаться под воск и смешиваться с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa или ПЦР-смесью-1-R ВКО.
Сверху добавить по капле минерального масла для ПЦР (примерно 25 мкл). При использовании амплификатора с термостатируемой крышкой минеральное масло можно не добавлять.
В подготовленные для ПЦР пробирки под масло или непосредственно на масло, используя наконечники с фильтрами, внести по 10 мкл ДНК исследуемых образцов или контроля этапа экстракции.
Поставить контрольные реакции амплификации:
а) отрицательный контроль (К–) – внести в пробирку с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa и в пробирку с ПЦР-смесью-1-R ВКО по 10 мкл К–;
б) положительный контроль (К+Gallus) – внести в пробирку с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa 10 мкл К+ Gallus gallus;
в) положительный контроль (К+Sus) – внести в пробирку с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa 10 мкл К+ Sus scrofa;
г) положительный контроль (К+ВКО) – внести в пробирку с ПЦР-смесью-1-R ВКО 10 мкл ВКО комплексного, разведенного в 10 раз К–.
Б. Проведение амплификации
Запустить на амплификаторе программу (см. табл. 1 и 2). Когда температура в ячейках достигнет 95 °С (при использовании амплификатора GeneAmp PCR System 2700 (Applied Biosystems) – 93 °С), поставить программу на паузу, поместить пробирки в ячейки амплификатора, закрыть крышку прибора и снять программу с паузы.
Рекомендуется перед постановкой в амплификатор осадить капли со стенок пробирок кратким центрифугированием на вортексе (1–3 с).
Таблица 1. Программа амплификации ДНК Gallus gallus, Sus scrofa
(ПЦР-смесь-1-R Gallus gallus/Sus scrofa)
|
Амплификаторы с активным регулированием (по раствору в пробирке):
|
Амплификаторы с матричным регулированием температуры:
«Ампли-3» («Биоком»); Biometra; MiniCycler, PTC-100 (MJ Research)
|
«Терцик» (ЗАО «НПФ ДНК-Технология»); Omn-E (Hibaid)
|
GeneAmp PCR System 2700 (Applied Biosystems)
|
цикл
|
температура
|
время
|
циклы
|
температура
|
время
|
циклы
|
температура
|
время
|
циклы
|
0
|
95 °С
|
пауза
|
93 °С
|
пауза
|
95 °С
|
пауза
|
1
|
95 °С
|
5 мин
|
1
|
93 °С
|
5 мин
|
1
|
95 °С
|
5 мин
|
1
|
2
|
95 °С
|
10 с
|
40
|
93 °С
|
10 с
|
40
|
95 °С
|
1 мин
|
40
|
65 °С
|
10 с
|
65 °С
|
25 с
|
65 °С
|
1 мин
|
72 °С
|
10 с
|
72 °С
|
25 с
|
72 °С
|
1 мин
|
3
|
72 °С
|
1 мин
|
1
|
72 °С
|
1 мин
|
1
|
72 °С
|
1 мин
|
1
|
4
|
10 °С
|
хранение
|
4 °С
|
хранение
|
10 °С
|
хранение
|
Таблица 2. Программа амплификации ДНК ВКО (ПЦР-смесь-1-R ВКО)
|
Амплификаторы с активным регулированием (по раствору в пробирке):
|
Амплификаторы с матричным регулированием температуры:
«Ампли-3» («Биоком»); Biometra; MiniCycler, PTC-100 (MJ Research)
|
«Терцик» (ЗАО «НПФ ДНК-Технология»); Omn-E (Hibaid)
|
GeneAmp PCR System 2700 (Applied Biosystems)
|
цикл
|
температура
|
время
|
циклы
|
температура
|
время
|
циклы
|
температура
|
время
|
циклы
|
0
|
95 °С
|
пауза
|
93 °С
|
пауза
|
95 °С
|
пауза
|
1
|
95 °С
|
5 мин
|
1
|
93 °С
|
5 мин
|
1
|
95 °С
|
5 мин
|
1
|
2
|
95 °С
|
10 с
|
42
|
93 °С
|
10 с
|
42
|
95 °С
|
1 мин
|
42
|
63 °С
|
10 с
|
63 °С
|
25 с
|
63 °С
|
1 мин
|
72 °С
|
10 с
|
72 °С
|
25 с
|
72 °С
|
1 мин
|
3
|
72 °С
|
1 мин
|
1
|
72 °С
|
1 мин
|
1
|
72 °С
|
1 мин
|
1
|
4
|
10 °С
|
хранение
|
4 °С
|
хранение
|
10 °С
|
хранение
|
После окончания реакции собрать пробирки в специальный штатив и отправить в помещение для детекции продуктов ПЦР (зону 3).
Образцы после амплификации можно хранить 16 ч при комнатной температуре, в течение недели при температуре от 2 °С до 8 °С и длительно при температуре не выше минус 16 °С (однако перед проведением электрофореза необходимо нагреть пробирки до комнатной температуры для размягчения воска).
11.3 ЭТАП 3 (зона 3). Детекция продуктов амплификации методом электрофореза в агарозном геле.
Работа с амплифицированной ДНК должна проводиться в отдельном помещении сотрудником лаборатории, не производящим манипуляций в зоне 1 и зоне 2.
А. Приготовление рабочих растворов и агарозного геля.
Приготовить рабочий электрофорезный буфер. В мерный цилиндр влить 25 мл трис-боратного буфера (ТБЕ) концентрированного с бромидом этидия, довести дистиллированной водой до 500 мл, закрыть цилиндр парафильмом и перемешать.
ВНИМАНИЕ! Бромид этидия – канцерогенное соединение, поэтому при работе с ним следует соблюдать правила безопасности: работать только в перчатках, избегать попадания на кожу и слизистые, при попадании на кожу или слизистые тщательно промыть соответствующий участок водой.
Все реагенты, содержащие бромид этидия, перед утилизацией следует подвергать специальной обработке (см. раздел «Дезактивация буфера и гелей»).
Агарозу для электрофореза ДНК из одного флакона пересыпать в стеклянную колбу из термостойкого стекла на 250 мл. Налить 100 мл готового рабочего буфера, перемешать вращением колбы и плавить в микроволновой печи до полного растворения агарозы. Время плавления агарозы в микроволновой печи мощностью 800 Вт при ее загруженности 1 колбой – 1,5 мин. Если в микроволновую печь мощностью 800 Вт ставится 5 колб с агарозой, время плавления увеличивается до 5 мин. Вынуть колбу с расплавленной агарозой из микроволновой печи, аккуратно перемешать, вращая колбу. После этого вновь поместить колбу с агарозой в микроволновую печь на 1,5 мин (при мощности 800 Вт), довести агарозу до кипения. Вынуть колбу из микроволновой печи и остудить агарозу, вращая колбу, до температуры 65–70 °С.
Выровнять столик для заливки гелей, залить расплавленный гель в форму камеры. Установить гребенки, не касаясь дна формы, на расстоянии не менее 3 см друг от друга. Толщина геля должна быть около 0,6 см.
После полного застывания геля (30 мин при комнатной температуре), осторожно вынуть из него гребенки, не повредив лунки. Поместить подложку с готовым гелем в камеру, лунки должны располагаться ближе к отрицательному электроду. ДНК, соответственно, движется к положительному. Залить в камеру готового буфера столько, чтобы он покрывал гель на 5 мм сверху.
Б. Порядок работы
Пробирки с продуктами амплификации выставить в штатив последовательно, отобрать из-под слоя масла по 10–15 мкл проб и внести в лунки геля (необходимо использовать новый наконечник для каждой пробы). В каждом ряду дорожек геля должен быть обязательно представлен К+ и, желательно, маркер молекулярных масс ДНК.
Подключить камеру к источнику тока, соблюдая полярность (ДНК движется к положительному электроду), и включить источник. При использовании камеры SE-2 («Хеликон», Россия) и источника питания «Эльф-4» (ЗАО «НПФ ДНК технология») параметры источника следующие: напряжение 250 В, стабилизация по напряжению, время электрофореза – 18-20 мин. Оптимальная напряженность электрического поля при этом составляет 10 В/см.
По завершении времени электрофореза (краситель при этом пройдет примерно половину длины геля – 1,5 см), выключить источник тока, перенести гель на трансиллюминатор, расположив полосы горизонтально лунками вверх. Получить изображение геля на компьютере с помощью видеосистемы, отметив порядок нанесения, занести в базу данных.
Внимание! При просматривании геля и фотографировании глаза и лицо должны быть защищены маской или стеклянной пластиной!
В. Дезактивация буфера и гелей.
Неиспользованные реактивы, реактивы с истекшим сроком годности, а также использованные реактивы (включая буфер и гели) следует удалять в соответствии с требованиями СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами».
VI. Учет результатов
12. Учет результатов ПЦР-анализа проводится по наличию или отсутствию на электрофореграмме специфических полос амплифицированной ДНК.
Длина амплифицированных специфических фрагментов ДНК:
Gallus gallus – 219 п.н.
Sus scrofa – 380 п.н.
ВКО комплексный – 750 п.н.
В образце обнаружена ДНК Gallus gallus, если в дорожке, соответствующей этой пробе на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa присутствует специфическая светящаяся полоса на уровне 219 п.н. большей или меньшей интенсивности, независимо от наличия полосы внутреннего контроля на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R ВКО.
В образце обнаружена ДНК Sus scrofa, если в дорожке, соответствующей этой пробе на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa присутствует специфическая светящаяся полоса на уровне 380 п.н. большей или меньшей интенсивности, независимо от наличия полосы внутреннего контроля на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R ВКО.
В образце не обнаружены ДНК Gallus gallus и Sus scrofa, если в дорожке, соответствующей этой пробе на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa отсутствуют специфические светящиеся полосы на уровне 219 и 380 п.н. и присутствует полоса внутреннего контроля на уровне 750 п.н. на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R ВКО.
Если в дорожке какого-либо образца отсутствуют все полосы (219, 380 и 750 п.н.), то результат анализа по данной пробе считается невалидным. Требуется повторно провести исследование соответствующего образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Таблица 3. Интерпретация результатов анализа
Результат ПЦР-анализа
|
Специфическая полоса с ПЦР-смесью-1-R ВКО
|
Специфическая полоса с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa
|
полоса 750 п.н.
|
полоса 380 п.н.
|
полоса 219 п.н.
|
Обнаружена ДНК Sus scrofa
|
Есть/Нет
|
Есть
|
Нет
|
Обнаружена ДНК Gallus gallus
|
Есть/Нет
|
Нет
|
Есть
|
Обнаружены ДНК Sus scrofa
и ДНК Gallus gallus
|
Есть/Нет
|
Есть
|
Есть
|
Не обнаружены ДНК Sus scrofa
и ДНК Gallus gallus
|
Есть
|
Нет
|
Нет
|
Невалидный
|
Нет
|
Нет
|
Нет
|
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК, в соответствии с таблицей оценки результатов контрольных реакций (см. табл. 4).
Таблица 4. Результаты постановки контролей
Контрольный образец
|
Контролируемый этап ПЦР-анализа
|
Специфическая полоса на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R ВКО
|
Специфическая полоса на электрофореграмме с ПЦР-смесью-1-R Gallus gallus / Sus scrofa
|
полоса 750 п.н.
|
полоса 380 п.н.
|
полоса 219 п.н.
|
ОК
|
Экстракция ДНК
|
Есть
|
Нет
|
Нет
|
К+Sus
|
ПЦР
|
Амплификация не проводится
|
Есть
|
Нет
|
К+Gallus
|
ПЦР
|
Нет
|
Есть
|
К+ВКО
|
ПЦР
|
Есть
|
Амплификация не проводится
|
Амплификация не проводится
|
К–
|
ПЦР
|
Нет
|
Нет
|
Нет
|
|
